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[转载]Cell reports||苦荞T2T参考基因组和表型变异丰富的突变体库

已有 63 次阅读 2025-5-14 09:32 |系统分类:科研笔记|文章来源:转载

本文报道了苦荞麦(Tartary buckwheat, Fagopyrum tataricum)的端粒到端粒无间隙参考基因组组装及其EMS诱变突变体库的构建。通过全基因组重测序分析了320个突变体的SNPs和indels,并利用正向和反向遗传学方法鉴定了导致突变性状的基因。该研究为苦荞麦的功能基因组研究和遗传改良提供了重要资源。

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图片1题目文章题目:The complete reference genome of Tartary buckwheat and its mutation library provide important resources for genetic studies and breeding发文单位:贵州师范大学荞麦产业技术研究中心;贵州大学生物资源保护与基因组学创新中心;四川农业大学生命科学学院;贵州省信息与计算科学重点实验室;贵州工程应用技术学院生态工程学院;北京吉贝西生物科技有限公司图片2杂志Cell reports;IF= 7.5分图片3链接Li, Hongyou, et al. "The complete reference genome of Tartary buckwheat and its mutation library provide important resources for genetic studies and breeding." Cell Reports 44.5 (2025).https://doi.org/10.1016/j.celrep.2025.115621图片4检测指标

Norminkoda提供了黄酮靶向检测

图片5主要内容5.1样本选择:选择高产和适应性强的苦荞麦自交系Guiku1作为基因组组装的材料。选择Guiku1的M2和M3代突变体进行表型和遗传稳定性筛选。

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5.2 基因组组装:使用PacBio高保真测序、Oxford Nanopore超长读长测序和Hi-C技术,组装了苦荞麦品系Guiku1的无间隙端粒到端粒基因组。该基因组大小为453.83 Mb,包含43,441个预测的蛋白质编码基因。

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5.3 突变体库构建:通过EMS诱变Guiku1,获得了1,092个具有稳定可遗传表型的突变体。经过连续自交至M6代,获得了751个遗传稳定的突变体。

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5.4 突变鉴定:对320个突变体进行全基因组重测序,鉴定了105,682个单核苷酸多态性(SNPs)和21,461个插入/缺失(indels),影响了25,986个基因的蛋白质编码序列。

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5.5 基因功能分析:利用正向和反向遗传学方法,鉴定了导致粉茎叶突变体和黄酮类化合物含量变化的基因。

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图片总结

    本文组装了苦荞麦的高质量T2T无间隙参考基因组,并构建了一个大型的EMS诱变突变体库。这些资源为苦荞麦的功能基因组研究和遗传改良提供了重要的基础,有助于发现重要的农艺性状基因和优良等位基因变异。



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