沉闷科学的掘墓人分享 http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz


  • 六盘水师范学院,副教授

    • 生命科学->遗传学与生物信息学->生物信息学

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younger401 2022-4-2 09:45
熊老师您好!在您“如何解读TCS网路图”的博客里。有一段话“判断种群是否发生过种群扩张还有其他依据,如可通过 TCS 网络图进行简单判断。如TCS 网络图呈单一星状散射分布,说明该群体曾经在越到瓶颈后迅速扩增(So et al,2006;Bruyn et al,2004)”
我想知道“So et al,2006;Bruyn et al,2004”出自那个参考文献,没查到。可否告知?
RY2018203025 2022-1-30 08:43
熊老师好,很喜欢你的博文。我想请教一个关于系统发育树的问题。 最近一篇PNAS的文章《Multisubstrate DNA stable isotope probing reveals guild structure of bacteria that mediate soil carbon cycling》中使用系统发育树上两物种的枝长计算他俩之间的系统发育距离(图4A和B),两物种之间的系统发育距离(枝长)范围在0-2。 我已使用fasttree构建了一个系统发育树,并导出每个物种的枝长(branch length)信息,但如何使用枝长信息计算两物种之间的系统发育距离(范围在0-2)? 我只知道可以用picante 包的cophenetic()函数计 ... ...
marvin7 2021-9-18 17:21
熊老师您好,我在用mrmodeltest测试模型的 时候程序错误,可以给我发一份mrmodeltest的视频吗?感谢!邮箱1114265848@qq.com
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