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两棵进化树一致性的校对

已有 8917 次阅读 2012-12-5 22:58 |个人分类:科研笔记|系统分类:科研笔记| 进化树

两棵进化树一致性的校对
首先, 要保证获得的进化树是有根树, 设定好外类群,并且,分支出现的次序经过排序reorder,这可以在Figtree软件中, 对newick格式的进化树进行操作, export as currently displayed 即可。

其次, 用R软件ape程序包的 cophyloplot函数, 可以实现, 将两棵进化树面对面绘制, 并将名称相同的分类单元用线段联系起来, 此时, 如果两个进化树结构有差别, 就一目了然了。

举例:
library(ape)
labs1 <- paste("t", 1:10, sep = "")
labs2 <- paste("t", 1:10, sep = "")

cophyloplot(x = rtree(20), y = rtree(10), space = 100, length.line = 0.1, gap = 10,assoc = as.matrix(data.frame(labs1, labs2)))




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