应用BETS检测数据集的时间信号 2020-08-05

序言：         准确推断快速进化病原（如 RNA病毒等）的进化速率或最近共祖时间，可以通过对 含有时间信号（Temporal signal）或时间 ...

(7621)次阅读|(0)个评论

PopART 绘制 Haplotype Network 图解(By Raindy) 2019-07-28

絮语：         重建单倍型网络是群体遗传学的一个重要分析内容，最常用的分析工具有Network、TCS等，但不同工具都有相应的优缺点，具 ...

(34816)次阅读|(2)个评论

多基因联合分析简明图解之PhyloSuite篇 2019-04-13

絮语： 虽然QQ空间已经写了两篇多基因联合分析的教程，随着新工具PhyloSuite的开发出炉，只需简单几步就可以完成多基因联合分析，本文以简明图解应用PhyloSu ...

(33177)次阅读|(0)个评论

应用贝叶斯谱系动力学解析我国TMV的时空迁移特征 2019-03-11

文献信息 ： Gao, F ., Liu, X., Du, Z., Hou, H., Wang, X., Wang, F., Yang, J., 2018. Bayesian phylodynamic analysis reveals the dispersal patterns ...

(12579)次阅读|(0)个评论

选择压力分析之EasyCodeML完整篇（By Raindy） 2019-02-19

絮语：          自然选择是五种遗传力（突变、重组、选择、基因流、漂变）之一，选择压力分析更是进化分析中 ...

(32984)次阅读|(0)个评论

日期随机化检验(DRTs)之 TipDatingBEAST篇 2018-09-26

絮语 ： 病毒（或其他病原）的进化速率（rate）和时间尺度（timescale）可以通过对具有时间结构（Time-structured）的序列进行系统发育分析获得，应用病毒序 ...

(10147)次阅读|(0)个评论

应用 PhyloMad对进化模型准确性进行评估（一） 2018-06-30

（一）应用PhyloMad进行 核苷酸替换模型 准确性的检验   絮语 ：         系统发育分析方法的准确性通常 ...

(7841)次阅读|(2)个评论

BEAST 分析 FAQ （20180302更新） 2018-02-06

Raindy 注： 本文首发于本人QQ空间日志（https://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1502418934），将不 定期更新，希望对初学者有帮助，欢迎关注。如需 ...

(34211)次阅读|(8)个评论

查看更多