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[48]曹世睿   2021-9-18 17:21
熊老师您好,我在用mrmodeltest测试模型的 时候程序错误,可以给我发一份mrmodeltest的视频吗?感谢!邮箱1114265848@qq.com
[47]贾基东   2021-5-31 18:12
熊老师您好,看到了您推荐praat_语音分析软件分析手册的文章http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-543470.html,对文章中该软件的使用方法非常感兴趣,但奈何附件中pdf因上传超过48小时仅供您本人下载,故无缘获取,可否烦请您把附件发至我的个人邮箱jia_jidong@163.com,感谢!
[46]闫林林   2021-1-15 10:18
熊老师您好,如何利用DnaSP计算核苷酸多样性的PDF能提供一下吗?附件没有权限下载,谢谢,我的邮箱是yanlinlin1991@126.com
[45]杨慧兰   2020-12-17 11:35
熊老师您好,我最近在学习系统发育多样性,参照金毅老师的一篇R中根据植物名录建立进化树的编程,他的编程中有一行为系统发育树的分支信息,我用的鱼类的系统发育树是R中rtree包里面的找到的打算作为参考,但是用figtree无法导出系统发育树的分支信息,且文件夹中无分支信息的有关文档,看到了您在科学网发的一篇博文,可以在R中提取系统发育树的信息,所以想冒昧打扰您,请教下怎样在R中将系统发育树导入,可以导出或得到该树的分支信息呢,打扰您很是抱歉,恳请得到老师的指教,祝老师工作顺利,开心快乐。
[44]杨慧兰   2020-12-17 11:32
熊荣川老师您好,我叫杨慧兰,是河北大学的一名研究生,研究方向为鱼类分子系统学,最近在学习系统发育多样性,参照金毅老师的一篇R中根据植物名录建立进化树的编程,他的编程中有一行为系统发育树的分支信息,我用的鱼类的系统发育树是R中rtree包里面的找到的打算作为参考,但是用figtree无法导出系统发育树的分支信息,且文件夹中无分支信息的有关文档,看到了您在科学网发的一篇博文,可以在R中提取系统发育树的信息,所以想冒昧打扰您,请教下怎样在R中将系统发育树导入,可以导出或得到该树的分支信息呢,打扰您很是抱歉,恳请得到老师的指教,祝老师工作顺利,开心快乐。
[43]杨婵   2020-7-10 13:36
您好,请教一个问题。我在用本地blast的时候,在建库的时候,出现Error: mdb_env_open: Input/output error的错误指令,请问这如何解决呢?谢谢。
[42]徐沙   2020-5-31 18:21
熊老师,您好!关于用GenGIS做地理信息和进化树这部分,我上传地图后总是和真实的经纬度不对应,再上传site文件时又总是加载不上,请问到底是哪里出的问题呢?
[41]杨良丽   2019-11-23 17:13
熊老师,您好!我再用raxmlGUI软件构建进化树,导入phylip格式的文件时 一直提示是格式错误。请问怎么解决呢?
[40]李莉   2019-3-4 14:51
熊老师,您好!请问您知道环境距离的算法吗?我想用R算一个环境距离和遗传距离的相关性。
[39]管观秀   2018-10-22 14:27
熊老师,您好。我想请问下我电脑装了 Python 2.7,下载raxmlGUI程序解压后双击raxmlGUI.py后显示选择打卡方式,选择Python,是输入命令符界面,为什么我打开不是可视交互界面呢
[38]蔡银银   2018-7-28 14:57
熊老师,想问您关于phylobayes构树时,外群和模型的选择如何设置
[37]kongchan1990   2017-7-6 16:08
熊老师,您好,我是做植物遗传育种方向的一名高校老师,想向您请教一下有没有办法直接用遗传距离构建系统发育树的方法呢?我之前构建出来的都缺少支持率一项!
我的回复(2017-7-22 14:16):直接用遗传距离构建系统发育树,应该是没支持率,我想因为证据太窄,无法做抽样性的自举检验吧
[36]doukaka   2017-5-15 16:01
熊老师,您好,我用paml软件计算基因的正选择位点,但不清楚paml计算的是所有运行物种序列的正选择位点还是第一条序列目标序列的正选择位点,麻烦老师给些指点,非常感谢
[35]郭志慧   2017-5-2 10:16
老师您好,我在您博文里面看到了‘使用FigTree制作环形系统发育树’,但是没有直接用figtree构建发育树的使用说明,麻烦老师能给些指点,非常感谢
[34]吴菲   2017-4-19 10:46
熊老师,您好,我再用mrbayes构建BI树,但是程序运行一直出错,大致是哪里出了问题呢?数据的饱和度什么的都检测了,ML树和MP树也都构建出来了,麻烦您指点指点,万分感谢
[33]zqp000   2017-4-2 18:55
老师您好,我想请问用R语言对数据做好Go分析,怎么选择具有最大数量的重要GO项的模块在Cytoscape软件中可视化?如何用幂律模型画节点分布图?烦请指导
[32]王思虎   2016-11-14 10:05
熊老师您好,目前正进行“群体历史动态推断”分析,即对每个Clade的物种个数有没有要求,比如至少需要多少条单倍型序列?希望能得到您的指点。学生王思虎,敬上。
我的回复(2016-11-22 22:15):这个不是很清楚,应该没有严格的要求吧
[31]汪洲涛   2016-5-28 16:50
老师您好!我最近在用SSR标记鉴定甘蔗的遗传距离,通过凝胶电泳得到0/1矩阵,现在我想用R语言处理这个矩阵,生成品种间的遗传相似性系数,并生成聚类图,如果您知道怎么做,恳请您指导我一下,我专业硕士,等着毕业,论文太简单,想在数据分析上添些亮点,谢谢老师!
我的回复(2016-5-31 07:58):具体什么矩阵呢,可否发个样表来看看
[30]杨婵   2015-12-27 16:59
我的系统是win10,会与win7有不同吗?总之,不太会弄这块,希望向您仔细学习?谢谢。
[29]杨婵   2015-12-27 16:53
熊老师,您好,我想学习TCS的使用,那个bat文件怎么建造,是把记事本格式变成bat吗?
我的回复(2015-12-28 17:47):后缀名改成bat即可

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