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- microRNA测序概述及实验分析流程
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- 一、 microRNA测序概述 MicroRNAs（miRNAs）是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA，其大小长约20~25个核苷酸。成熟的miRNAs是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的，随后组装进RNA诱导的沉默复合体，通过碱基互补配对的方式识别靶mRNA，并根据互补程度的不同指导沉默复合体 ...
- miRDeep分析microRNA测序数据流程
- microRNA的分析过程： microRNA测序数据分析选用软件 miRDeep ，关于这个软件，有文章： Discovering microRNAs from deep sequencing data using miRDeep, Nature Biotechnology 26, 407 - 415 (2008) 引用次数：251次 链接： http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n4/abs/nbt1394.h ...
- FASTQ文件各行代表的意义详解
- FASTQ 文件格式最初是被桑格中心开发的用来储存测序序列及其质量的一种文件格式。 现在被 Illmina 来储存测序仪 产生的测序数据。 FASTQ 文件格式包括四行：例如 @HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1 GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT +HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973# ...
- 染色质免疫共沉淀技术(Chip-seq)
- 染色质免疫共沉淀技术 （chromatin-immunoprecipitation，ChIP），因其能真实、完整地反映结合在DNA序列上的靶蛋白的调控信息，是目前基于全基因组水平 研究DNA-蛋白质相互作用 的标准实验技术。ChIP技术由Orlando等人于1997年创立。 基本原理与过程 ：通过在特定时间点 ...
- 宏基因组测序与分析方法以及问题集锦
- 热度 1
- 宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) 。是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, 其定义为“the genomes of the total microbiota found in nature” , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因, 目前主要指环境样品中的细 ...
- 学习生物信息应该从哪里入手？
- 记得很久之前和别人讨论生物信息时，谈到自己对生物信息的感觉时，说了这么一句话：“ 对于做生物信息的人来说，计算机决定了你的效率，数学决定了你的高度，生物决定了你的境界 ”，生物信息本身就是，或者说目前至少是用计算机工具，以数学的方法，来解决生物问题的一个学科。所以这个问题应该 ...
- FastQC检查二代测序原始数据的质量
- 当 二代测序 的原始数据拿到手之后，第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc ( http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ )。 fastqc的详细使用说明： http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/ 我们在服务器上用命令行来运行fastqc： f ...
- tophat的使用及参数介绍
- TopHat简介: TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本，当然也可以使用原代码编译适合自己操作系统的版本。 其上游软件是 Bowtie ，下游是 Cufflinks 。 理论上，TopHat是针对Illumina Genome Analyzer而设计的软件，它偶尔也 ...
- 转录组测序概述及生物信息学分析流程
- 一、 转录组测序概述 转录组是特定物种、组织或细胞类型转录的所有 RNA（转录本）的集合，包括 mRNA和非编码RNA (Non-coding RNA， 非编码RNA又包括：tRNA，rRNA，snoRNA，microRNA，piRNA，lncRNA等。通过比较转录组或基因表达谱的研究以揭示生物学现象或疾病发生的分子机制是 ...
- 什么是双端测序(paired-end sequencing) ?
- Paired ends 是指同一个DNA分子的两头，所以你可以先测一端，然后反过来再测另一端。测的这两条序列就叫做Paired ends. 很多时候，它又被叫做Mate Paires. 举个例子， 你的测序流程获得了若干的DNA分子，每个DNA的分子~500bp，这时你测DNA分子两头35bp，这时你会获得： tag1 序列 tag2 序列 tag1 ...
