TopHat简介:

TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本，当然也可以使用原代码编译适合自己操作系统的版本。

其上游软件是Bowtie，下游是Cufflinks。

理论上，TopHat是针对Illumina Genome Analyzer而设计的软件，它偶尔也能对其它来源的数据进行分析，但不保证成功。它针对75bp以上长度的短序进行了优化。

在使用TopHat前，必须将Bowtie的可执行文件的目录输出到PATH变量中去，例：

export PATH=$PATH:/share/sbin/bowtie

确保TopHat可以运行bowtie, bowtie-inspect以及bowtie-build。

还需要下载安装samtools。

TopHat的使用范例:

tophat [options]* <ebwt_base> <reads1_1[,...,readsN_1]> [reads1_2,...readsN_2]

TopHat的参数，解释其中一部分: