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Paired ends 是指同一个DNA分子的两头,所以你可以先测一端,然后反过来再测另一端。测的这两条序列就叫做Paired ends. 很多时候,它又被叫做"Mate Paires".
举个例子,
你的测序流程获得了若干的DNA分子,每个DNA的分子~500bp,这时你测DNA分子两头35bp,这时你会获得:
tag1 序列
tag2 序列
tag1加上tag2,连同中间的区域为~500bp
正常来说我们可以试着把这tag1和tag2回贴到基因组上~500bp的区域。
但是某些时候,library的信息,跟我们实际回贴的结果是不一样的。这样的不一致可以有效地检测出大的结构变异,例如Insertion、Deletion、Inversion等。譬如说
当我们把tag1,tag2回贴到基因组上1000bp的区域上时,这可能暗示着你的基因组有着deletion
若是tag1,tag2回贴到基因组上200bp的区域上时,暗示着你的基因组有Insertion
Paired-end测序不仅解决了一次测序不能测很长的问题,又能带来结构变异等新的发现。总而言之,相当巧妙的想法!!
附图是illumina的paired-ned测序图解。其中黄色的SP1和蓝色的SP2即为所测的两个tag。
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GMT+8, 2024-5-23 11:51
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