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DeepAtlas：一种有效的流形学习工具: 张俊鹏 2025-9-20 10:54; DeepAtlas ：一种有效的流形学习工具在过去的几十年里，高维数据的收集和分析已成为跨农业、土木工程、环境研究、金融与经济、销售等广泛不同领域的主要主题。高维数据对单细胞基因组学尤其是一个问题，例如单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ），其中我们同时测量数千个基因在数千到数百万个单细胞中的表 ...; 个人分类: 科普|2101 次阅读|没有评论

SpaIM：单细胞空间转录组数据插补: 张俊鹏 2025-9-19 10:42; SpaIM ：单细胞空间转录组数据插补近年来，空间转录组学（ ST ）技术的进步为深入理解空间细胞生态系统提供了新的视角。基于测序的空间转录组学技术，如 10× Genomics Visium 和 Slide-seq ，利用空间索引条形码对组织斑点进行 RNA 测序。与此同时，基于成像的空间转录组学平台，如 NanoStr ...; 个人分类: 科普|2612 次阅读|没有评论

STARNet：空间多组学数据中推断基因调控网络: 张俊鹏 2025-9-17 11:26; STARNet ：空间多组学数据中推断基因调控网络生物组织的形成、模式化和稳态依赖于细胞间的通信和细胞 - 微环境相互作用。不同的组织微区域可以对驻留细胞施加独特的调控密码。例如，相邻的亚区海马体通过不同的调控程序来驱动特化的神经元功能，强调了对一个能描绘特定区域特异性空间解析调控图谱的需求。 ...; 个人分类: 科普|2290 次阅读|没有评论

从癌症驱动到癌症守护：范式转变与临床意义: 张俊鹏 2025-9-15 14:02; 从癌症驱动到癌症守护：范式转变与临床意义几十年来，癌症研究的主导范式一直围绕着识别特定基因中的体细胞突变，这些突变被称为癌症驱动基因（ Cancer Driver Gene ， CDG ），它们赋予选择性生长优势并启动肿瘤发生过程。这种观点通常被概括为 “ 癌症是一种遗传性疾病 ” ，认为抑癌基因和肿瘤抑制 ...; 个人分类: 科普|2352 次阅读|没有评论

LncCE：正常和癌症细胞内特异性高表达lncRNA数据库: 张俊鹏 2025-9-14 17:55; LncCE ：正常和癌症细胞内特异性高表达 lncRNA 数据库长链非编码 RNA （ lncRNA ）是一类非编码 RNA ，其长度超过 200 个核苷酸，通常不被翻译成蛋白质。 lncRNAs 被广泛公认与多种关键生物学功能密切相关。为了维持组织形态，它们也可能参与癌症进展。越来越多的研究已经全 ...; 个人分类: 科普|1957 次阅读|没有评论

ssGCA：样本特异性网络分析识别肾透明细胞癌免疫治疗反应的基因共表达模式: 张俊鹏 2025-9-14 17:53; ssGCA ：样本特异性网络分析识别肾透明细胞癌免疫治疗反应的基因共表达模式透明细胞肾细胞癌（ ccRCC ）是肾癌最主要的组织学亚型，在发生转移后具有较高的死亡率。近年来，针对程序性细胞死亡蛋白 1 （ PD-1 ）和程序性细胞死亡配体 1 的免疫检查点抑制剂（ ICI ），无论是单独使用还是与血管 ...; 个人分类: 科普|1912 次阅读|没有评论

单细胞分辨率的多层组学数据中解析状态依赖性免疫特征: 张俊鹏 2025-9-14 17:51; 单细胞分辨率的多层组学数据中解析状态依赖性免疫特征人类组学技术将生物机制和疾病病理生理学投射到具有不同分辨率的多层矩阵信息中。以胚系遗传变异为基础的整合组学分析利用了分子数量性状基因座（ mQTL ）目录。多层 mQTL 目录协同地回答了变异的功能注释，并填补了从大规模人类疾病遗传学（即全基因 ...; 个人分类: 科普|2030 次阅读|没有评论

BaMANI ：贝叶斯多算法因果网络推理: 张俊鹏 2025-9-8 19:42; BaMANI ：贝叶斯多算法因果网络推理理解变量之间的因果关系在医学、流行病学、经济学、社会科学等领域至关重要，从观察中辨别因果关系对政策制定、干预策略和科学发现具有深远影响。因果推理领域致力于揭示这些关系，为解开观察数据背后复杂的因果网络提供方法论。 Pearl 的开创性工作为因果推 ...; 个人分类: 科普|2914 次阅读|没有评论

RegNetwork 2025：人类和小鼠基因调控网络整合数据库: 张俊鹏 2025-9-7 20:38; RegNetwork 2025 ：人类和小鼠基因调控网络整合数据库基因调控网络（ GRN ）提供了一个全面的框架，用于解析转录因子（ TF ）、微 RNA （ miRNA ）、长链非编码 RNA （ lncRNA ）、环状 RNA （ circRNA ）、基因和其他调控因子之间复杂的相互作用，这些因子在各种生物过程和疾病中至关重 ...; 个人分类: 科普|3915 次阅读|没有评论

疫苗本体: 张俊鹏 2025-9-7 20:36; 疫苗本体疫苗的发明和使用在过去两个世纪里极大地改善了人类和其他动物的健康。基于对天花、脊髓灰质炎、麻疹、腮腺炎、风疹、白喉、破伤风、百日咳、流感以及近年来水痘 - 带状疱疹病毒（水痘和带状疱疹）和乙型肝炎等疾病的广泛接种，公共卫生领域取得了重大成就。疫苗对曾经普遍存在的儿童疾病流行的影响 ...; 个人分类: 科普|2392 次阅读|没有评论

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