BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一款由 NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在本地使用 BLAST 工具进行核酸或蛋白序列比对。

一、常用 BLAST 子模块简介

二、使用BLAST软件构建本地数据库（核酸数据库和蛋白数据库）

BLAST数据库分为两类，核酸数据库和氨基酸数据库，可以用makeblastdb创建。

# 常用参数说明：

l  -dbtype 是必选参数，nucl, prot，二选一，核酸序列或者氨基酸序列库

l  -in 用于构建搜索库的fasta文件

l  -input_type 默认为fasta文件，其他支持文件asn1_bin,asn1_txt, blastdb

l  -out输出文件的前缀

# 创建核酸数据库

makeblastdb -dbtype nucl -in data/nucl.fasta -input_type fasta -out data/nucl.blastdb

# 创建蛋白数据库

makeblastdb -dbtype prot -in data/prot.fasta -input_type fasta -out data/prot.blastdb

三、使用BLAST软件进行常规比对

3.1 将核酸序列比对至核酸数据库（blastn）

blastn -query data/nucl_query.fasta -out data/blastn_nucl_result.tsv -db data/nucl.blastdb -num_threads 16 -evalue 1e-10 -max_target_seqs 5 -outfmt 6

3.2  将蛋白序列比对至蛋白数据库（blastp）

blastp -query data/prot_query.fasta -out data/blastp_prot_result.tsv -db data/prot.blastdb -num_threads 16 -evalue 1e-10 -max_target_seqs 5 -outfmt 6

3.3 将核酸序列比对至蛋白数据库（blastx）

blastx -query data/nucl_query.fasta -out data/blastx_nucl2prot_result.tsv -db data/prot.blastdb -num_threads 16 -evalue 1e-10 -max_target_seqs 5 -outfmt 6

3.4 将蛋白序列比对至核酸数据库（tblastn）

# 蛋白-核酸，比对时，将输入的氨基酸序列与数据库中核苷酸序列翻译后的氨基酸序列逐一比对

tblastn -query data/prot_query.fasta -out data/blastx_prot2nucl_result.tsv -db data/nucl.blastdb -num_threads 16 -evalue 1e-10 -max_target_seqs 5 -outfmt 6

3.5 常用参数介绍

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