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BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一款由 NCBI(美国国家生物技术信息中心)提供的生物信息学工具,用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在 Linux 系统中安装和使用 BLAST 的完整步骤。
① 下载BLAST安装包
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz
② 解压下载的安装包
tar -xzvf ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz
③ 进入程序的文件夹里面的bin目录。输入pwd ,查看当前路径,复制路径
cd ncbi-blast-2.15.0+/bin && pwd
④ 添加环境变量,若不添加环境变量,可通过程序的绝对路径运行程序
# export PATH=刚刚复制的路径:$PATH,此处为临时添加环境变量,也可将“export PATH=刚刚复制的路径:$PATH”添加到 ~/.bashrc 中,然后保存退出,使用 source ~/.bashrc 命令让其生效
export PATH="/mnt/d/soft/ncbi-blast-2.15.0+/bin:$PATH"
⑤ 验证安装是否成功,若能正确显示版本信息则安装配置成功
blastn -version
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