导读：《PLoS One》文章“Genome-wide association study of cassava starch paste properties”fig 2的SNP密度图展示了18条染色体1Mb区间内的SNP数。行是染色体，不同的颜色表示不同的SNP密度，灰色表示没有SNP，绿色表示密度较低，红色表示密度最高。从这张图可以直观地看出SNP的分布情况，为疾病研究提供思路。

SNP简介

SNP（单核苷酸多态性）是指基因组中单个核苷酸变异引起的DNA序列差异。它是基因组中最常见的遗传变异形式，分为转换（嘌呤间或嘧啶间替换）和颠换（嘌呤与嘧啶间替换）。SNP的形成与DNA复制错误、损伤修复错误、自然选择和遗传漂变等因素有关。它在医学中有重要应用，可用于疾病易感基因研究、药物反应预测和法医学鉴定等。例如，某些SNP位点与疾病风险相关，可作为生物标志物；在药物代谢相关基因中的SNP可用于指导个体化用药。

研究SNP密度的意义

1） 基因组结构和进化：高密度区域可能与基因重组热点相关，低密度区域则可能更保守。

2） 辅助疾病研究：高密度区域可能包含疾病相关基因，有助于定位易感基因。

3） 评估遗传多样性：高密度SNP区域通常遗传多样性更高，有助于物种适应环境。

4） 助力基因定位：通过分析SNP分布，可缩小目标基因范围，提高研究效率。

1，打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_SNP_density_by_CMplot_107

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

示例数据包括2列：

第1列是染色体名字，绘图时按照从上到下出现的顺序绘制，有几条染色体绘制几条染色体。建议在excel中按照染色体编号排序后再作图。若染色体很多，建议仅挑选常规染色体，去掉random之类的染色体。

第2列是SNP所在的染色体位置，必须是正整数。 

注：仅使用提供的数据绘制染色体，而没有考虑对应物种的染色体具体长度，所以染色体长度取的是数据中该染色体最后一个SNP位置（数值最大的值）的长度。

例如，实际染色体长度为10M，如果输入数据中最大的SNP坐标是9M，9M后的染色体中没有任何SNP，那么图中的染色体长度就是9M，而不是实际的10M。对实际结果几乎没有影响。

3，输入检查

示例数据：点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V粘贴数据到输入框中。

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择参数。

注：输入检查按钮会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，确保数据符合模块输入要求。

4，选择参数

图片大小：设置了图片的宽度，图片的高度。建议根据染色体的长度和条数进行调整，若染色体较多，可以将高度设置大点

binsize：计算密度时所使用的区间大小，也就是图中“The number of SNPs within 1Mb window size”中的1Mb。数值越大，表示统计的粒度越粗。一般使用1000000，即1Mb作为统计区间

字体大小：

标题字体大小，即图中“The number of SNPs within 1Mb window size”的字体大小；

染色体/Mb字体大小：即长度刻度和染色体名字的字体大小，若部分长度刻度被隐藏，可以缩小字体大小，或者增加图片宽度；

图例字体大小；右下角图例的字体大小

注：字体控制不是太精确，请使用inkscape或者acrobat illustrator优化

颜色：设置了低、中、高密度的颜色

字体：设置了期刊杂志中最常用的两种字体：Times New Roman和Arial。如需使用其他字体，可以下载pdf或者svg图片，然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约2s后，会在页面上显示SNP密度图。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator或者inkscape软件编辑矢量图，进行组图，调整文字位置，添加说明等操作，以满足个性化需求。

同时我们也提供了每条染色体SNP的统计信息，包括每条染色体的SNP数，平均密度等供下载。

在测试数据的统计结果中，平均每条染色体有约135个SNP位点，其中SNP数最多的是chr13，最少的是chr17。密度最大的是chr18，密度最小的是chrX。平均每MB有1.057个SNP。

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