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开放科学运动势头强劲

已有 1894 次阅读 2024-1-22 21:10 |系统分类:海外观察

莱尼·泰特尔曼(Lenny Teytelman)仍然记得20年前他还是博士生的日子,当时他访问了公共数据库进行酵母遗传学研究。“如果研究人员没有将他们的数据存入国家生物技术信息中心,我的研究在技术上是不可能的,”总部位于加利福尼亚州伯克利的开放获取协议平台 protocols.io 的联合创始人泰特尔曼说。Protocols.io 去年7月被出版《自然》杂志的施普林格·自然收购。

开放科学是一个广义的术语,指的是向所有人(从公民和学生到研究专业人员)免费提供整个研究生命周期的运动。这包括通过开放获取平台共享研究计划、协议、材料、数据和论文。

The open-science movement for sharing laboratory materials gains momentum (nature.com)

开放科学的实践正在兴起。非营利性开放获取期刊出版商 PLOS 发现,在此期间,在其期刊上发表的 71,000 多篇论文的数据存储库使用率 2019 年的 22% 上升到 2022 年的 28%。与已发表文章相关的预印本比例也有所增加,从 2019 年的 15% 增加到 2022 年的 24%。2006年的一项研究分析了近1,500篇已发表的论文,发现有证据表明,在控制了领域、作者数量和期刊影响因子等因素后,开放获取文章被同行引用的次数高于在同一期刊上发表的非开放获取文章(G. 4E157;2006年)。

尽管许多研究人员全心全意地接受开放获取出版,但实验室材料、试剂和协议的开放共享采用速度较慢,主要是由于缺乏对如何正确共享它们的认识以及激励措施不足。去年9月发表在《自然通讯》(Nature Communications)上的一篇论文发现,在超过22,000名调查参与者中,大多数人对开放研究持积极态度(J. Ferguson等,自然通讯;2023. 在参与者中,90% 的人至少参与了一项开放科学实践,例如共享数据和代码。与十年前相比,开放科学实践从 2010 年的 49% 增加到 2020 年的 87%。

然而,态度和行为之间存在差异。在调查中代表的所有学科中——经济学、政治学、心理学和社会学——公开分享数据和代码的研究人员比例远低于支持开放研究理念的研究人员比例。

“将关于开放获取的信念转化为行为具有挑战性,”Addgene的联合创始人兼首席科学官Melina Fan说,Addgene是一个非营利性平台,供研究人员分享称为质粒的DNA实验材料,位于马萨诸塞州沃特敦。但她说,像Addgene这样的存储库可以在实现资源共享方面发挥重要作用。“存储库降低了共享的门槛,并提供了改变研究文化所需的基础设施。”

开放科学组织

日本松江岛根大学的植物遗传学家Tsuyoshi Nakagawa发现,一种基因克隆试剂盒通过质粒将基因引入植物中效果特别好。“当我在大学的研究支持中心工作时,我自然而然地与社区分享我的经验和材料,”他说。

“然而,在我开始分享[质粒]之后,我收到了太多的请求,这占用了我的工作时间。”为了节省时间,他开始使用Addgene,这促进了质粒的分布。自 2016 年以来,Nakagawa 已在 Addgene 上沉积了 80 多个质粒。

有形科学资源(如质粒)的共享需要签订材料转让协议。当研究人员在机构之间共享蛋白质和化学物质等材料时,材料转移过程可能需要数周或数月的时间。像Addgene这样的开放科学组织在几天内帮助在幕后完成所有与材料转移有关的法律文书工作,以促进科学材料的共享,包括质粒、抗体和病毒。

Fan表示,Addgene除了作为分销商之外,还可以加强质量控制。“当我们从储户那里收到质粒时,我们会对它们进行测序,以确保序列与储户声称的相匹配。这对于可重复性和透明度非常重要。范还建议科学家将他们的材料存放在完善且财务上自给自足的全球存储库中,以更好地扩展材料的范围和寿命。

Nakagawa建议科学家在有顾虑时咨询开放科学组织的代表和有经验的同事。例如,他与Addgene的工作人员合作,确保该组织能够在内部复制他想要分享的质粒材料。“虽然资助者和出版商可以通过政策要求研究人员进行分享,但开放科学机构和社区在促进使分享实践正常化的研究文化方面发挥着关键作用,”泰特尔曼说。

位于弗吉尼亚州夏洛茨维尔的非营利组织开放科学中心(Center for Open Science)旨在通过遵循“变革理论”理念来实现这一目标。“我们的战略包括五个步骤:使开放科学实践成为可能、简单、正常、有益,并最终成为一项要求,”该中心政策主任大卫·梅勒说。我们文化变革战略的第一项活动是开发基础设施以实现共享,其次是易于使用的'用户界面',使其更容易共享。

例如,研究人员可以在开放科学框架登记处(该中心的开源网络平台)上注册他们的研究。该中心帮助为从事开放科学的研究人员创建了社区,例如心理科学改进协会,作为他们将开放科学实践视为研究的典型和固有部分的一种方式。

该中心的工作人员还考虑了激励开放科学的方法,例如收集共享证据,研究人员可以将其添加到资助提案中,以及期刊优先考虑同行评审和接受注册研究的方法。

赢得怀疑论者

除了认为共享材料会增加工作量的观点外,怀疑论者还批评开放获取平台完全依赖研究界的自我监管标准,以引用、作者身份和致谢的形式在到期时给予荣誉。缺乏对此类标准的积极执行可能会阻止一些研究人员分享。使用跟踪技术可以帮助改变那些担心自己的工作得不到荣誉的人的想法(参见“关于如何有效共享实验室材料的五个技巧”)。例如,protocols.io 引入了包括文章浏览量和引用次数在内的指标,并为用户提供了一个选项来保证协议的可靠性。

关于如何有效共享实验室资料的五个技巧1. 寻找有关分享的指南。

查看资助者、出版商和机构的政策,以确定是强制性的还是建议分享的。

2. 从一开始就与合作者决定是否共享。

以研究团队的形式讨论共享的条款。尽管开放科学包括研究方案、原始数据和实验材料,但它们并不总是需要平等地共享,例如,与国内和国际研究人员共享。

3. 尽早开始,以尽量减少共享的管理痛苦。

共享需要额外的努力,为了减少所需的时间,请尽早使用工具或实施使共享更容易的做法。例如,考虑在开始编码时引入解释性行。

4. 跟踪谁访问了您的材料。

研究人员不断分享的一大动机是当他们看到他们的同事使用他们的研究时。作为一种激励措施,开放科学平台正在使用技术为研究人员提供衡量其材料接受程度的指标。

5. 报告计划和成果。

美国宇航局(NASA)和美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)等一些资助者现在要求研究人员将开放科学数据管理计划和共享证据纳入资助提案。

研究人员对参与开放科学犹豫不决的另一个原因是人们对开放科学的认识不足,甚至对这场运动的负面情绪,特别是在低收入和中等收入国家(LMICs)。曾在马来西亚怡保奎斯特国际大学担任高级讲师和工艺工程师的Magaret Sivapragasam说,与北美和欧洲相比,在她的国家,开放科学的概念仍然很新。

“马来西亚的研究人员给人的印象是,在开放获取期刊上发表文章是付费的,这与掠夺性期刊有关。我不希望我的工作质量被这样评判,“Sivapragasam说,他现在是英国布里斯托尔西英格兰大学科学传播专业的硕士生。即便如此,她承认开放科学使她的工作受益匪浅。“当我做研究时,我总是访问开放数据库,以了解化合物的毒性水平,并将我的实验数据与其他实验室的数据进行交叉核对。

拉米斯·埃尔克海尔(Lamis Elkheir)与Sivapragasam有着相似的经历。作为苏丹喀土穆大学的药物化学讲师,以及法国图尔大学和喀土穆足菌肿研究中心联合项目的博士生,Elkheir说,许多非洲国家对开放科学运动的认识有限。“这导致与我的朋友和同事进行开放科学讨论的机会很少,”她说。“然而,我相信基层倡议可以改变这一点。2022 年 12 月,Elkheir 利用从开放获取出版商 eLife 获得的培训,帮助组织了负责任研究的全球动态虚拟研讨会,该研讨会的重点是研究公平、中低收入国家的开放科学努力和开放科学中的多语言。

Sivapragasam建议,为了赢得中低收入国家的怀疑论者,开放科学组织应该直接与当地研究人员互动。“各机构可以通过培训和资源为发展中国家的研究人员提供支持,以提高认识。开放科学是一项全球性的努力,任何人都不应被抛在后面,“Elkheir说。

有充分的理由不分享吗?

虽然共享总体上有利于科学,但在某些情况下,共享材料可能不合适,例如当实验室和生物技术公司希望将其技术商业化并担心其数据和材料的专有权利时。

“尽管我们越来越多地谈论开放科学,但在实践中,存在一系列开放性,”范说。“共享的条款可以在法律上定义,以保护商业利益,同时推进开放科学。

一个很好的例子是CRISPR基因编辑工具的发明。与该技术相关的论文一发表,参与其中的各个研究小组就将质粒沉积在Addgene上,对它们的需求激增。在全球范围内,数以千计的研究人员测试了这些质粒的各种应用。“我认为,在这种情况下,开放共享产生的数据向投资者证明该技术是有效的,”Fan补充道。去年11月,全球首个CRISPR基因编辑疗法Casgevy在英国获批,用于治疗镰状细胞病和输血依赖性β地中海贫血。

在研究中,学术声誉受到如此高的重视,以至于研究人员可能对分享尚未完全可重复的数据和方法过于谨慎。Mellor认为,围绕科学是一项正在进行的工作这一观点进行更多的教育,可能有助于说服开放科学的坚持者。“我乐观地认为,随着我们看到越来越多的研究人员参与开放科学,分享将成为一种常态,”他说。“我们将看到社区在未来推动开放科学运动,以实现可重复和公平的研究。



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