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匠心雕琢 铸就精品
在材料模拟领域,Forcite 分子动力学的学习一直是许多初学者的难关。为此,东方科软携手月只蓝博士,历时许久,精心雕琢,倾力打造了一套Forcite分子动力学优质课程。本套课程直击Forcite使用痛难点,循序渐进,结合了当前研究热点。通过本课程的学习,学员能够掌握一套普适、完整、清晰的分子动力学计算方法论和步骤,从而具备独立开展分子动力学计算的能力,继而应用到自己实际的研究课题中。
往期学员反馈
一、课程介绍
分子动力学(Molecular Dynamics,MD),是当前研究大型复杂体系最为广泛采用的方法,频繁且广泛地活跃在众多学科和研究领域中,如有机物体系、高分子与聚合物体系、生物化学分子体系、溶液体系、单相(液相、固相)表面、多相界面(液-液、固-液、固-固、气-液等)、金属与无机物材料等,每年发表涉及MD模拟的SCI论文数以千篇计。
本课程讲解使用Materials Studio软件(MS)的Forcite模块进行MD模拟。Forcite模块具有操作简便流畅且逻辑清晰、人机交互友好、输入输出即时反馈等优点,且其根植的MS软件平台具有强大的建模与可视化功能、美观雅致的图形输出效果、一体化实现的全流程(建模-设参数-计算-结果输出),使得Forcite模块受到大量科研工作者的青睐。近年来,每年使用Forcite模块发表的论文超过1,000篇,而且保持稳健增长的趋势(见上图)。
本课程内容力求理论结合实践操作,遵循由简入繁、循序渐进的学习规律,注重对基础性、通用性的知识的讲解,培养通用化的方法和思路,使学员通过本课程的学习,掌握一套普适、完整、清晰的分子动力学计算的方法论和步骤,从而具备独立开展分子动力学计算的能力,继而应用到自己实际的研究课题中。值得一提的是,Forcite已经支持使用GPU进行MD模拟,可以获得令人瞩目的计算速度提升,本课程内容将反映这一变化。
此外,本门课程还将讲解很多我们用在已发表的顶刊论文中实用的模拟技术和脚本,比如我们用在AM(Advanced Materials,IF=29.4)期刊论文中的相互作用能作用力贡献解析、氢键个数统计技术。
二、讲师介绍
月只蓝博士
14年Forcite模块MD模拟经验,长期深耕于MS模拟的第一线。
已为国内几十所高校提供分子模拟技术支持发表SCI论文超过100篇,包括AM(多篇)、AFM(多篇)、ANGEW CHEM(多篇)、APPL CATAL B-ENVIRON、CEJ(多篇)、AIChE(多篇)、Small Methods、JMCA等高质量期刊。月只蓝曾获研究生数学建模竞赛国家级一等奖,具有扎实的数学功底和应用能力,并具有丰富的Perl脚本编写经验,编写各类Perl脚本超百个。
月只蓝已培训学员近千人,学员包括来自北大、清华、香港理工、上海交大、武大、同济、南开、中山大学、中国科学院等国内院校和科研院所,以及悉尼大学等国外院校的硕博和高校教师。
截至目前,学员已发表SCI论文约50篇(不完全统计),包括JACS、CEJ、JCP等一区top期刊;此外,已有十几名学员凭借高质量模拟论文的发表,拿到研究生国奖等奖学金,或被国外名校、国内985大学博士录取,或被高校、科研所录用为讲师、副教授。
三、课程内容安排
四、课程特色
1. 手把手教学
我们在遵循循序渐进,由浅入深的教学方式的同时,会对重点内容进行手把手地详细教学,让这些内容真正具有可操作性,学员真正能学会,正如往期学员反馈的那样:“月老师在讲解重点内容时,会把细节拉满,每一步怎么做,点哪个按钮,按键盘上哪个键,这些按钮在软件界面的第几行,按键在键盘上什么位置,都会讲得清清楚楚,生怕我们学不会!”
2. 重视答疑
我们认为课上听到的内容实际上是来源于讲师的间接经验,学员只有在课后进行大量的动手练习和实践,才能获得属于自己的第一手的直接经验,进而固化成自己的内在知识。然而,很多课上看起来很简单的操作,自己一动手就会出现问题,课后练习时也亟需有人及时指导和辅导。作为本课程的设计者,我们非常重视课后的答疑。在大家课后练习时,我们将持续陪伴,并提供及时、高效的答疑服务。这一特色,相信我们的学员能深切感受到。
3. 迭代更新
本课程课表里的内容,是我们根据长期、大量的实践经验总结、筛选出来的最有价值的学习内容,能涵盖绝大部分学习需求。除了课表内容,我们还会根据学员群里的答疑与热点问题反馈、当前研究热点的变化、软件版本的更新,不断对课程内容和资料(如新的Perl脚本)进行迭代更新。迭代更新的部分会补充到原课表内容上,学员可在一定时间范围内免费学习这些更新的内容、获得更新的Perl脚本。
五、课程内容精彩预览
1. 计算模拟的基本知识储备
几何优化、MD、退火在文献中频繁出现,大家是否思考过:为什么要做这些计算?这些计算到底是在做什么,它们之间有哪些区别和联系?它们与实验研究有何联系?本讲将对这些看似基本却非常重要的问题进行讲解,引导学员建立起计算模拟的基本框架。
2. 分子动力学的基本原理
分子动力学的数学本质是求解大型微分方程组初值问题(ODEs-IVP)。本讲将围绕这个方程组构建和求解,解读重要参数的意义,加深对分子动力学的认识和理解。
3. 基础核心参数的设置
基础核心参数(力场、电荷、非键力计算方法)是决定计算成败的关键参数。学习并掌握如何正确设置基础核心参数,是用Forcite做分子动力学的必备能力,是必须牢牢掌握的核心技能。
4. 几何优化核心参数设置和技巧
几何优化的数学本质是多约束的最优化问题。Forcite几何优化在模型构建后、分子动力学之前,起着承上启下的作用。良好的Forcite几何优化保证后续MD的顺利开展,否则会导致很多MD报错。Forcite几何优化也是必须掌握的基本技能之一。
5. 分子动力学常见模型的构建
晶面该切多厚?超晶胞该扩展多少倍?真空层该加多厚?界面上下两个部分尺寸怎么匹配?相信很多人被这些问题所困扰,针对这些痛点、难点问题,本讲介绍高效建模的思路和技巧,讲解建模详细操作步骤,将常见痛点、难点问题逐个击破,学员将从中学到很多实用的技巧和方法。
6. 分子动力学模拟的基本过程
MD的模拟过程,乍看千头万绪,本讲将看似复杂的MD过程划分为三个清晰的阶段,便于理解这三个阶段之间的区别和联系。
六、报名方式
点击下方链接,查看详细报名方式。
https://mp.weixin.qq.com/s/ngQEzB9PDEOYCC6uOadq5Q
End
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GMT+8, 2025-8-2 20:00
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