SAMtools序列可视化操作

1）准备 BAM 文件

# 使用参考序列构建索引，index为索引前缀

bowtie2-build reference.fa index

# 使用bowtie2进行比对

bowtie2 -x index -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq -p 32 -S example_pair.sam

# 使用samtools将sam文件转换为bam文件

samtools sort example_pair.sam > example_pair.bam

2）使用 SAMtools 对 BAM 文件进行排序和索引（这是可视化展示的前提）

# 排序 BAM 文件

samtools sort example_pair.bam -oexample_pair.sorted.bam

# 创建 BAM 索引

samtools index example_pair.sorted.bam

3）可视化

# 使用 Samtools tview查看 BAM 文件的比对情况

samtools tview example_pair.sorted.bam reference.fa

# 运行后会进入santools tview的交互界面：

#  按下 “shift+?” 即可显示帮助菜单栏，如下图所示：

①　按下 g ，则提示输入要到达基因组的某一个位点

②　使用H(左）J（上）K（下）L（右）移动显示界面。

③　Ctrl+H 向左移动1kb碱基； Ctrl+L 向右移动1kb碱基

④　可以用颜色标注比对质量，碱基质量，核苷酸等。               

30～40的碱基质量或比对质量使用白色表示；

20～30黄色；

10～20绿色；

0～10蓝色。

⑤　使用点号’.'切换显示碱基和点号；

⑥　使用r切换显示read name

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