1. BWA软件的适用范围和应用场景

bwa 是一款将序列比对到参考基因组上的软件，包含了以下3种算法：

BWA-backtrack:用于进行Illumina reads的比对，reads的长度最大为100bp。

BWA-SW:用于比对long-read，支持的长度为70bp-1Mb；同时支持剪接性比对（split alignments）。

BWA-MEM:最新的算法。和BWA-SW的适用性一致，但是更加快速和准确；同时与BWA-backtrack相比，在对70bp-100bp reads的比对上有更优的性能。通常情况下选择BWA-MEM算法就好。

2. BWA软件的下载与安装

可以直接去github上下载（https://github.com/lh3/bwa），也可以使用git clone直接拷贝到本地，如：

git clone https://github.com/lh3/bwa.git

进入bwa目录，直接make，等待安装完成即可。

安装完成后，输入bwa，就能查看帮助信息。

3. 实战：使用BWA软件生成质粒基因组的SAM文件

使用BWA整个比对过程主要分为两步，第一步建索引，第二步进行比对。

示例数据：

├── plasmid_genome.fasta………………………………………………质粒基因组序列

├── plasmid_R1.fq.gz……………………………………………………测序数据read1

├── plasmid_R2.fq.gz……………………………………………………测序数据read2

操作：

$ bwa index plasmid_genome.fasta -p plasmid_index ……………………建立索引

$bwa mem plasmid_index -t 16 plasmid_R1.fq.gz plasmid_R2.fq.gz > plasmid_pe.sam……使用bwa-mem算法进行双端比对

结果：

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