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fastq格式文件转换成fasta文件

已有 106 次阅读 2025-7-2 11:34 |系统分类:科研笔记

Seqkit2 Seqkit 的新版本,是一个专门用于处理和分析生物序列数据的软件工具。它支持多种序列数据格式,包括FASTAFASTQ等,并提供了一系列有用的功能,如数据处理、过滤、统计、格式转换等,是生物信息学领域中常用的工具之一。以下是使用seqkitfastq格式文件转换成fasta文件。

fq2fa子命令:将FASTQ转换为FASTA格式

此处将名为duplicated-reads.fq.gzfq格式文件转换为fa格式文件

# 查看duplicated-reads.fq.gz的前10行内容

zcat duplicated-reads.fq.gz | head -n 10

# fastq格式文件转换成fasta文件

seqkit fq2fa duplicated-reads.fq.gz -o duplicated.fasta

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