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miRNA与TF互为调控: 张俊鹏 2021-11-11 09:16; 写在前面在前面几次（ miRNA 靶基因系列： miRNA 靶基因识别和 miRNA 靶基因识别：下一步等），我们主要介绍了 miRNA 作为调控子来调控靶基因。在这种情况下， miRNA 是上游分子，靶基因是下游分子。那么，是否还有上游分子调控 miRNA ？答案是肯定的。这次就说一下调控 miRNA 的上游分子： TF （ t ...; 个人分类: 科普|4181 次阅读|没有评论

miRNA靶基因之miRBaseConverter: 张俊鹏 2021-11-9 09:30; 写在前面当使用异构数据源识别 miRNA 基因时，可能会遇到 miRNA 名称不一致的问题。例如，有些数据库中的 miRNA 版本比较低，但是有些数据库中 miRNA 又是最新版本。因此，在整合多种异构数据源之前，首先要将 miRNA 名称一致化。为了将 miRNA 名称一致化，这次就介绍一下 R 工具包 miRBaseConverter （ https://bio ...; 个人分类: 科普|2212 次阅读|没有评论

网络可视化软件推荐两款: 张俊鹏 2021-11-6 08:09; 写在前面网络是一种数据，也是一种信息和知识。在信息时代，网路无处不在。例如，人与人之间的关系、城市与城市之间交通关系、论文引证关系、基因之间的关系、信号之间的关系、蛋白质间的互作关系等等，都可以构成错综复杂的网络数据。对于网络而言，主要分为有向、无向和混合（包含有向和无向）三种类型。有向网络 ...; 个人分类: 科普|5867 次阅读|没有评论

miRNA靶基因之miRLAB: 张俊鹏 2021-11-4 15:17; 写在前面前面几次主要介绍了 miRNA 靶基因的方法简介与数据库。对于 miRNA 靶基因识别方法，一般比较零散。有些方法还不开放代码，所以结果很难复现。这次就介绍一个 R 工具包 miRLAB （ https://bioconductor.org/packages/miRLAB/ ），该工具包汇总 10 多种常规方法进行 miRNA 靶基因识别。 01 ...; 个人分类: 科普|2761 次阅读|没有评论

miRNA靶基因之综合型数据库: 张俊鹏 2021-11-3 09:35; 写在前面接着前两次的介绍（ miRNA 靶基因之实验验证型数据库， miRNA 靶基因之预测型数据库），这次就轮到综合型数据库了。 miRNA 靶基因综合型数据同时含有实验验证型和计算机预测两种类型数据。在 miRNA 靶基因识别领域，综合型数据库既可以被当成真实数据（ ground truth ），又 ...; 个人分类: 科普|2062 次阅读|没有评论

机器学习软件推荐一个: 张俊鹏 2021-10-29 12:14; 写在前面谈起机器学习和数据挖掘，很多非计算机专业的人就望而却步。很重要的原因是，敲代码。这次就推荐一款无需敲代码的独立软件 Weka ，专门做机器学习和数据挖掘，用起来真的很香。当然， Weka 也为开发者提供了接口，方便用户开发新应用。 01 — Weka 之名 Weka 全称为怀卡 ...; 个人分类: 科普|3959 次阅读|没有评论

miRNA靶基因之预测型数据库: 张俊鹏 2021-10-28 10:22; 写在前面接着上次的介绍（ miRNA 靶基因之实验验证型数据库），这次就轮到预测型数据库了。 miRNA 靶基因预测型数据主要基于序列数据来预测 miRNA 靶基因（详细见 miRNA 靶基因识别）。数据库实在是太多了，这次只介绍两款常用的预测型 miRNA 靶基因数据库： TargetScan （ http://www.targets ...; 个人分类: 科普|7553 次阅读|没有评论

miRNA靶基因之实验验证型数据库: 张俊鹏 2021-10-26 12:15; 写在前面目前， miRNA 靶基因方面有三大类型数据库：实验验证型、计算机预测性和综合型。这次就先介绍两款常用的实验验证型 miRNA 靶基因数据库： miRTarBase 和 TarBase 。在 miRNA 靶基因识别领域，实验验证型数据库经常被当作真实数据（ ground truth ）来比较不同计算机识别方法的预测效果。 01 ...; 个人分类: 科普|3506 次阅读|没有评论

你想了解因果推理吗？: 张俊鹏 2021-10-22 14:27; 写在前面 2021 年诺贝尔经济学奖一半授予 David Card （戴维·卡德），另一半授予 Joshua D. Angrist （乔舒亚· D ·安格里斯特）和 Guido W. Imbens （吉多· W ·因本斯）。其中， Joshua D. Angrist 和 Guido W. Imbens 的贡献是对因果关系分析的方法学（如图 1 ）。经济学与人类密切相关，而 ...; 个人分类: 科普|2457 次阅读|没有评论

miRNA靶基因识别：下一步: 张俊鹏 2021-10-21 09:40; 写在前面在上次，我们说了 miRNA 靶基因识别的三大类方法。留下了一个问题：如何选择合适的 miRNA 靶基因识别方法呢？我的回答：每个方法都可以选择，毕竟每种方法都具有数据特异性。作为后来的人，最关心的问题是：如果我想做 miRNA 靶基因识别，下一步如何下手？这次就围绕这个问题，从数据和算力两个维度展望一下 ...; 个人分类: 科普|1599 次阅读|没有评论

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