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写在前面
前面几次主要介绍了miRNA靶基因的方法简介与数据库。对于miRNA靶基因识别方法,一般比较零散。有些方法还不开放代码,所以结果很难复现。这次就介绍一个R工具包miRLAB(https://bioconductor.org/packages/miRLAB/),该工具包汇总10多种常规方法进行miRNA靶基因识别。
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miRLAB
miRLAB(图1)是合作开发的第一个R工具包。它是专门识别miRNA靶基因的干实验工具包,有单一方法也有集成方法。另外还有获取在线数据资源、验证分析和富集分析的相关实用函数。
图1 miRLAB主页
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miRLAB功能
如图2所示,miRLAB主要有三大模块:输入数据与预处理模块、miRNA靶基因识别模块和验证与后处理模块。特别地,miRLAB内的miRNA靶基因识别方法分为五大类:相关方法(包括Pearson、Spearman、Kendall、Distance Correlation、Hoeffding’s D measure、Randomised Dependence Coefficient和Mutual Information)、回归方法(包括Lasso和Elastic-net)、因果推理方法(IDA和ICP)、集成方法(Borda和BordaTopk)和其他方法(Zscore)。作为用户,输入数据至少有匹配样本的miRNA和靶基因表达数据。当然,如果想提升miRNA靶标识别精度,也可以提供先验miRNA靶基因调控信息作为输入数据。
图2 miRLAB功能模块
后话
miRLAB将多种方法融合在一个R工具包里面。给定输入数据,每种方法只需一个实用函数就可以出结果。详细情况可以查阅miRLAB的帮助文档。Enjoy it!
参考文献:
[1] Le TD, Zhang J, Liu L, Liu H, Li J. miRLAB: An R Based Dry Lab for Exploring miRNA-mRNA Regulatory Relationships. PLoS One. 2015;10(12):e0145386.
更多背景知识如下:
1. miRNA是何方神圣?
11. miRNA靶基因识别
12. miRNA靶基因识别:下一步
14. miRNA靶基因之预测型数据库
15. miRNA靶基因之综合型数据库
号外,ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。
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