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写在前面
接着上次的介绍(miRNA靶基因之实验验证型数据库),这次就轮到预测型数据库了。miRNA靶基因预测型数据主要基于序列数据来预测miRNA靶基因(详细见miRNA靶基因识别)。数据库实在是太多了,这次只介绍两款常用的预测型miRNA靶基因数据库:TargetScan(http://www.targetscan.org/)和ENCORI(https://starbase.sysu.edu.cn/)。在miRNA靶基因识别领域,预测型数据库经常被当作先验数据(prior information)来缩小计算机识别方法的搜索区域。
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TargetScan
TargetScan(图1)已经更新到v8.0版本了。最新的版本v8.0里面提供两种不同类型的预测:默认预测(default predictions)和全部预测(all predictions)。一般而言,默认预测用的比较多。目前,TargetScan提供五个物种(人类、老鼠、蠕虫、苍蝇和鱼类)的miRNA靶基因预测数据。因为TargetScan专注于miRNA靶基因预测,并且从2005年一直更新到2021年,受到业内广泛的认可。
图1 TargetScan主页
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ENCORI
ENCORI(图2)是starBase数据库的最新名称。最早是starBase的时候,专注于做miRNA靶基因预测数据。改名为ENCORI(The Encyclopedia of RNA Interactomes)后,就是专门做RNA互作组的预测数据。因此,ENCORI是研究RNA-RNA互作关系的好帮手。但是,改名为ENCORI的文章一直没有出现,因此引用还是得引用starBase文章。以miRNA靶基因预测为例,它提供人类和老鼠两个物种的靶标调控信息和五种不同类型(miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA、miRNA-pseudogene和miRNA-sncRNA)的靶标调控关系供下载。另外,在miRNA-mRNA方面,他还整合了其他7个常用软件(PITA、RNA22、miRmap、microT、miRanda、PicTar和TargetScan)的预测结果。如果你想获得高置信度的miRNA-mRNA调控关系,你可以使用ENCORI来整合多个软件预测结果。最后,ENCORI的Web API很好用哦。
图2 ENCORI主页
后话
今天介绍的TargetScan和ENCORI都是高被引数据库,从引用次数可以看出其欢迎程度。miRNA靶基因预测软件很多,能够一直更新至今的不多。在更新方面,这两款软件做到了,所以今天特此推荐。
参考文献:
[1] McGeary SE, Lin KS, Shi CY, et al. The biochemical basis of microRNA targeting efficacy. Science. 2019;366(6472):eaav1741. doi:10.1126/science.aav1741
[2] Li JH, Liu S, Zhou H, Qu LH, Yang JH. starBase v2.0: decoding miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA and protein-RNA interaction networks from large-scale CLIP-Seq data. Nucleic Acids Res. 2014;42(Database issue):D92-D97. doi:10.1093/nar/gkt1248
更多背景知识如下:
1. miRNA是何方神圣?
11. miRNA靶基因识别
12. miRNA靶基因识别:下一步
号外,ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/
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