周耀旗
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工作情况:深圳湾实验室,研究员
研究领域:生命科学->遗传学与生物信息学->生物信息学
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太太袁汇的故事 II:一个有影响力的人
导言:上次写了一篇《太太袁汇的故事:一个有光的人》。这是第二篇,希望大家喜欢。 袁汇现在负责科普中心,常常需要接待来参观的中小学生。大家都知道,好几十个孩子在一起,怎么能够吸引他们的注意力,而不是在实验室乱哄哄地游耍,是一个挑战!常常听人说袁汇有她的一套,我挑了她的周末场,悄悄地跟在后面,想看看 ...
2024-8-14 21:41
去西班牙贝纳斯克镇参加《RNA结构与功能的计算方法》会议有感
导言 :从来没有参加过一次长达两周的学术会议。但当会议组织者 Eric 邀请我的时候,我毫不犹豫地答应了。这个每三年一次,坚持了近二十年的关于 RNA 计算的会议,一定有它存在、不断吸引人回来的独特理由。以往开一天会,人就累得像条狗似的,两个星期这么长的会议是什么感受?我把所见所闻记录下来,供其他会议 ...
2024-8-2 23:18
大女儿哈佛毕业之后
2021 年大女儿从哈佛本科的计算机专业毕业,决定直接步入社会工作,而不是去读研究生。想当年,我大学快毕业的时候,对于从来没有离开过学校的我,有进入社会的恐惧感,所以选择考研究生,这样可以继续躲在学校里。而她不一样,在社会上已经闯荡过多次。高中打过工、大学三个寒假都飞到澳洲国立大学当国际化学奥林匹克的 ...
2024-6-30 16:27
半夜在酒店摔倒之后
上海出一趟差,密集安排了三场报告。第二天半夜 2 点起床上卫生间,按照惯例,没有开灯,因为不想打断睡眠,没想到不知道被什么绊了一下,左胸重重地摔在坚硬的浴缸边上,那个痛,让我禁不住大叫,两耳嗡嗡直响,全身觉得不对劲。我坐着,定了好几分钟的神,才缓过来。想起自己骨密度偏低,千万不要骨折啊!!!我忍着疼 ...
2024-6-30 09:52
<出发:不断走出舒适区的科研生活之旅>新书首发分享会
新书首发分享会 https://mp.weixin.qq.com/s/t4WDiHSgeyVU16HRM7IM5A 我在美国印第安纳大学做教授的时候,曾经有一个博士后,原来是学物理的,他当时跳出他研究的舒适区,到我这里来研究生物,人很优秀,但是,来了几个月,就跟我说要回去做物理,回到他原来那个舒适区,我觉得特别可惜,觉得需要呼吁一下年轻 ...
2024-6-28 13:56
太太袁汇的故事:一个有光的人
导言:我太太袁汇喜欢跟我讲讲她身边发生的事情。有些很有意思,我就情不自禁地插嘴,她觉得打断了她,要求等她说完。这可能是以前做中小学老师养成的职业习惯:学生是不能插话的。但也有一些事情,我认为不重要的或者不搭界的,我就一边看手机,一边尽量至少用一个耳朵听着,在关键的地方嗯哈两声,表明在听着呢!她就考 ...
2024-4-18 16:17
菠菜、天花板与诺贝尔奖:Karplus教授的科学传奇
导读:去年夏天我去波士顿访问时,拜访了我的博士后导师 Martin Karplus教授。他问我知不知道他的自传《天花板上的菠菜》(Spinach on the Ceiling),我以为他是指在综述期刊上写的同题目自述(Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struc.35, 1-47 (2006)),便回答说,知道。第三天访问波士顿大学时,师兄John Straub告 ...
2024-2-1 11:00
RNA语言模型也来了!
最近语言模型ChatGPT在回答各类问题的范围、深度和准确度上的革命性进展,掀起了开发通用大语言模型的热潮。与此同时,这些语言模型在生物高分子蛋白质上的应用也在不断深入,已经有二十多个不同规模、不同应用的模型问世,在蛋白质结构和功能预测、以及蛋白质设计上发挥出越来越大的作用。与有20个氨基酸组成的蛋白 ...
2023-11-10 21:09
万圣节露面的AlphaFold3,是trick还是treat(是给糖还是捣蛋)?
每年10月31日是西方的万圣节(Halloween),小朋友都喜欢在这个节日里打扮成各种各样的妖魔鬼怪,去邻居家门口大喊:“trick or treat (给糖还是捣蛋) ?”。今年万圣节,Google Deepmind公司联合新成立两年的、从Deepmind独立出来的公司Isomorphic Labs共同发布了新一代AlphaFold模型: AlphaFol ...
2023-11-2 14:41
[转载]3=1+2:分割是如何攻克蛋白质结构预测的?下一步将走向何方?
导读:近日,深圳湾实验室周耀旗课题组在 National Science Review 上发表综述展望: “3=1+2: How the Divide Conquered de Novo Protein Structure Prediction and What is Next? ”(3=1+2:分割是如何攻克蛋白质结构预测的?下一步将走向何方?),作者用通俗易懂的比喻讲述了 AlphaFold 的来龙去脉。 自从 ...
2023-10-19 10:06