全外显子组生信分析流程-8-depth_and_coverage_readfq

张洪磊 2019-3-23 11:24

#!/bin/bash #downloadhttps://github.com/billzt/readfq #purpose:calculatereadsfromfastqfiles #setenv readfq=/home/zhanghl/supporting_softwares/readfq/readfq-master/kseq_fastq_base fq_dir= cd$fq_dir#fq所在位置 ls&n ...

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全外显子组生信分析流程-7-depth_and_coverage_qualimap

张洪磊 2019-3-23 11:22

#!/usr/bin/bash #!/usr/bin/bash #purpose:calculatedeapthandcoverageusingQualimap ##DownloadandinstallQualimap ##http://qualimap.bioinfo.cipf.es/ #安装 cd/home/zhanghl/supporting_softwares mkdirqualimap ...

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全外显子组生信分析流程-6-GATK_recalibration流程代码

张洪磊 2019-3-21 22:51

#!/bin/bash #purpose:recalibrationofreadsquality ##Directories workshop=/home/zhanghl/data_3/workshop/practice1_ovary ##resources human_b37_bundle=/home/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_glk_v37/human_b37_bundle human_fasta=${human_b37_bundle}/human_g1k ...

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全外显子组生信分析流程-5-mapping流程代码

张洪磊 2019-3-21 22:40

#!/bin/bash #purpose：mappingreadstoreferencegenometogetthebamfile #setenv workshop=/home/zhanghl/data_3/workshop/practice1_ovary human_b37_bundle=/home/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_glk_v37/human_b37_bundle huma ...

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全外显子组生信分析流程-4-数据质控

张洪磊 2019-3-21 21:30

数据质控 测序数据的产生经过了DNA提取、建库、测序等多个步骤，这些步骤会产生低质量或者无效的数据，需要对下机的原始数据进行质控。 1.原始序列数据解读 高通量测序得到的原始图像数据经过碱基识别（base calling）分析转化为原始测序序列（reads），我们称之为raw data，结果以fastq文件格式存储，该文件包含序 ...

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全外显子组生信分析流程-2-测序流程简介

张洪磊 2019-3-21 16:10

测序流程 1. DNA样本检测 DNA样本检测主要有两种方法: 1) 琼脂糖凝胶电泳：检测是否降解，是否有杂质； 2) nanodrop检测：质量量化。 要求：浓度=20ng/ul, 总量800ng 2. 文库构建 将基因组DNA用Covar ...

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全外显子组生信分析流程-1-基础知识点

张洪磊 2019-3-21 15:48

1. 癌症基因组研究 肿瘤是机体在各种致癌因素作用下，局部组织的细胞在基因水平上失去了对其生长的正常调控，导致其克隆性异常增生而形成的病变。癌症基因组一般会发生独特且不可预测的多个点突变、插入缺失、易位、融合事件。对于这些突变的研究可以分为两个层面：胚系突变（ germl ...

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全外显子组测序项目-0-前言

张洪磊 2019-3-21 15:29

前言 近期接手全外显子组分析项目，这里总结分享全外的分析内容、分析思路以及关键分析流程。 分析内容 主要参考 xxx 和公司的全外分析报告； 分析思路 汇总自全外相关文章； 关键分析流程 创建于本实验室。本项目起始于 2019 年 3 月 21 日（送样日）。

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