#!/usr/bin/bash
#!/usr/bin/bash
#purpose: calculate deapth and coverage using Qualimap
## Download and install Qualimap
## http://qualimap.bioinfo.cipf.es/

#安装
cd /home/zhanghl/supporting_softwares
mkdir qualimap &&  cd qualimap
wget https://bitbucket.org/kokonech/qualimap/downloads/qualimap_v2.2.1.zip
## readme  http://qualimap.bioinfo.cipf.es/doc_html/index.html
## example results :http://kokonech.github.io/qualimap/HG00096.chr20_bamqc/qualimapReport.html
/home/zhanghl/supporting_softwares/qualimap/qualimap_v2.2.1/qualimap --help

#运行
#set env
bam_dir=" "
/home/zhanghl/supporting_softwares/qualimap/qualimap_v2.2.1/qualimap bamqc --java-mem-size=20G -bam $bam_dir/P1-01-DNA.sorted.dedup.bam -nw 400 -hm 3