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计算遗传力,对于ASReml来说,是件简单的事情。但是要清楚遗传力的类型和求算公式,以及对应的方差分量。现举个简单的例子,目标性状为树高,固定效应为区组,随机效应为家系,求家系树高的单株遗传力。ASReml win版本计算遗传力,是通过!PIN的命令来实现的。通过!PIN来确定计算公式。此例中,hi=4*Vf/(Vf+Ve)。Vf:家系方差分量,Ve:误差方差分量。在我看来,可以先运行模型后,看方差分量的排序后,再来确定!PIN的内容。
分析模型和代码如下:
1 2 3 4 5 6 7 8 | !PART 1 !filter Spacing !select 3 !continue !maxit 30 h5 ~ mu Rep !r Fam !f mv !PIN !define F Add_H 1*4 # 3 F totalG_H 1+2 # 4 H herit 3 4 # count heritability |
运行模型后,先查看主要文件fm.asr,找到方差分量的结果部分,如下所示:
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 | - - - Results from analysis of h5 - - - Approximate stratum variance decomposition Stratum Degrees-Freedom Variance Component Coefficients Fam 50.71 10167.1 10.9 1.0 Residual Variance 500.29 5333.34 0.0 1.0 Source Model terms Gamma Component Comp/SE % C Fam 55 55 0.828737E-01 441.994 2.36 0 P Variance 559 551 1.00000 5333.34 15.82 0 P |
方差分量显示,有家系Fam和误差Variance两项,Vf为1(第一项),Ve为2(第二项),ASReml无法直接写成公式,因此通过‘F’来定义加减乘,‘H’来定义比值,‘R’来定义相关。对于本例的hi=4*Vf/(Vf+Ve),需分别定义公式的分子和分母,“F Add_H 1*4”表示对第一项的方差分量乘以4,即4*Vf,代表加性方差Add_H,结果为3(第三项);“F totalG_H 1+2”表示对第一项、第二项的方差分量进行求和,即(Vf+Ve),代表表型方差totalG_H,结果为4(第四项);“H herit 3 4”,为第三项、第四项方差分量之间的比值,代表遗传力herit,即4*Vf/(Vf+Ve)。
遗传力的计算结果在fm.pvc文件中,结果如下所示:
1 2 3 4 5 6 7 8 | - - - Results from analysis of h5 - - - 1 Fam 441.994 2 Variance 5333.34 3 Add_H 1 1768.0 748.72 4 totalG_H 1 5775.3 357.71 herit = Add_H 1 3/totalG_H 4= 0.3061 0.1239 Notice: The parameter estimates are followed by their approximate standard errors. |
最后的运行结果文件fm.pvc中,还可以确定计算公式是否准确。
不过,相对而言,我比较倾向于通过asreml-r来计算遗传力和遗传相关等参数,后者可直接输入计算公式。感兴趣的读者,可查看我以前的博文(http://blog.sciencenet.cn/blog-1114360-735458.html)。
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