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ASReml计算遗传力
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计算遗传力，对于ASReml来说，是件简单的事情。但是要清楚遗传力的类型和求算公式，以及对应的方差分量。现举个简单的例子，目标性状为树高，固定效应为区组，随机效应为家系，求家系树高的单株遗传力。ASReml win版本计算遗传力，是通过!PIN的命令来实现的。通过!PIN来确定计算公式。此例中，hi=4*Vf/(Vf+Ve)。Vf:家系方差分量，Ve：误差方差分量。在我看来，可以先运行模型后，看方差分量的排序后，再来确定!PIN的内容。
分析模型和代码如下：
1 2 3 4 5 6 7 8 | !PART 1 !filter Spacing !select 3 !continue !maxit 30 h5 ~ mu Rep !r Fam !f mv !PIN !define F Add_H 1*4 # 3 F totalG_H 1+2 # 4 H herit 3 4 # count heritability |
运行模型后，先查看主要文件fm.asr，找到方差分量的结果部分，如下所示：
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 | - - - Results from analysis of h5 - - - Approximate stratum variance decomposition Stratum Degrees-Freedom Variance Component Coefficients Fam 50.71 10167.1 10.9 1.0 Residual Variance 500.29 5333.34 0.0 1.0 Source Model terms Gamma Component Comp/SE % C Fam 55 55 0.828737E-01 441.994 2.36 0 P Variance 559 551 1.00000 5333.34 15.82 0 P |
方差分量显示，有家系Fam和误差Variance两项，Vf为1(第一项)，Ve为2（第二项），ASReml无法直接写成公式，因此通过‘F’来定义加减乘，‘H’来定义比值，‘R’来定义相关。对于本例的hi=4*Vf/(Vf+Ve)，需分别定义公式的分子和分母，“F Add_H 1*4”表示对第一项的方差分量乘以4，即4*Vf，代表加性方差Add_H，结果为3(第三项)；“F totalG_H 1+2”表示对第一项、第二项的方差分量进行求和，即(Vf+Ve)，代表表型方差totalG_H，结果为4(第四项)；“H herit 3 4”，为第三项、第四项方差分量之间的比值，代表遗传力herit，即4*Vf/(Vf+Ve)。
遗传力的计算结果在fm.pvc文件中，结果如下所示：
1 2 3 4 5 6 7 8 | - - - Results from analysis of h5 - - - 1 Fam 441.994 2 Variance 5333.34 3 Add_H 1 1768.0 748.72 4 totalG_H 1 5775.3 357.71 herit = Add_H 1 3/totalG_H 4= 0.3061 0.1239 Notice: The parameter estimates are followed by their approximate standard errors. |
最后的运行结果文件fm.pvc中，还可以确定计算公式是否准确。
不过，相对而言，我比较倾向于通过asreml-r来计算遗传力和遗传相关等参数，后者可直接输入计算公式。感兴趣的读者，可查看我以前的博文(http://blog.sciencenet.cn/blog-1114360-735458.html)。
https://wap.sciencenet.cn/blog-1114360-758671.html
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