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寻找网络合适尺度:基于谱聚类有效识别优先连接网络的因果涌现
张俊鹏 2023-5-24 09:41
寻找网络合适尺度:基于谱聚类有效识别优先连接网络的因果涌现 网络可以用来表示广泛的系统,在过去的十年里,它们的使用在整个科学领域变得越来越普遍。虽然网络分析通常是在网络的完整、微观尺度表示上进行的,但最近研究表明,信息量较大的网络也可以识别和建模。使用这些技术,可以将网络 G 重新构 ...
个人分类: 科普|240 次阅读|没有评论
精确精神病学需要解开障碍特异性变异:以ASD为案例
张俊鹏 2023-5-22 15:45
精确精神病学需要解开障碍特异性变异:以 ASD 为案例 1. 纠缠的变异 自闭症谱系障碍( ASD )的个体变异是一个既定的事实。对某些人有效的干预措施对其他人无效。症状严重程度、适应性行为评分和智商与干预结果的差异部分相关,但仍有大量差异未被解释。预测个体对不同干预措施的反应是临 ...
个人分类: 科普|282 次阅读|没有评论
使用他人代码的十条简单规则
张俊鹏 2023-5-22 15:43
使用他人代码的十条简单规则 每次你使用计算机时,你都在使用别人的代码,无论是操作系统、文字处理器、网络应用程序、研究工具,还是简单的代码片段。几乎所有的代码都有一些 bug 和错误。在日常生活中,这些错误通常并不太重要,或者至少在它们发生时并不明显(想想操作系统崩溃)。然而,在研究中,有 ...
个人分类: 科普|297 次阅读|没有评论
实验验证型人类miRNA-mRNA互作数据库综述
张俊鹏 2023-5-17 10:46
实验验证型人类 miRNA-mRNA 互作数据库综述 微小 RNA ( miRNA )在疾病发展中的作用越来越成为生物行为研究的主题。 miRNA 是长度在 17 至 25 个核苷酸的小型单链非编码 RNA ,在转录后水平上发挥作用以调节基因表达。通过与信使 RNA ( mRNAs )的 3′ 非翻译区( UTR )结合, ...
个人分类: 科普|336 次阅读|没有评论
癌症研究的下一个重大科学问题
热度 1 张俊鹏 2023-5-15 10:45
癌症研究的下一个重大科学问题 近年来,我们对肿瘤发生和癌症进展以及不同癌症类型的临床治疗的理解发生了巨大变化。然而,即使取得了这一进展,科学家和肿瘤学家也面临着巨大的挑战,从解开相关的分子和细胞机制到治疗和生物标志物开发,再到治疗后的生活质量。在《 The next big questions in cancer res ...
个人分类: 科普|446 次阅读|1 个评论 热度 1
通过深度学习识别空间转录组学中的空间域:DeepST
张俊鹏 2023-5-14 19:13
通过深度学习识别空间转录组学中的空间域: DeepST 组织由不同的细胞组成,其空间组织对发挥其生物功能具有重要意义。空间转录组( ST )的最新进展,如 10×Visium ( https://www.10xgenomics.com/ )、 Slideeq 和 Stereoseq ,使得通过原位测序在转录组水平上理解组织功能和细胞结构成为 ...
个人分类: 科普|430 次阅读|没有评论
空间转录组学的整合分析方法
张俊鹏 2023-5-10 09:33
空间转录组学的整合分析方法 多细胞生物是由组成它们的细胞以及这些细胞之间的关系来定义的,这些细胞部分被细胞的空间组织所捕获。尽管单细胞转录组测序( scRNA-seq )在将细胞表征为独立元素方面产生了变革性的影响,但这种技术失去了细胞关系的许多方面,包括空间分布。新开发的工具专注于检测组织中 ...
个人分类: 科普|407 次阅读|没有评论
自我监督学习食谱
张俊鹏 2023-5-8 12:12
自我监督学习食谱 自我监督学习被称为“智能的暗物质”,是推进机器学习的一条很有前途的道路。与受标记数据限制的监督学习不同,自我监督学习可以从大量未标记数据中学习。自我监督学习( Self-supervised learning , SSL )支撑了深度学习在自然语言处理中的成功,导致从自动机器翻译到在未标记文本 ...
个人分类: 科普|454 次阅读|没有评论
从跨学科对话视角模拟癌症的群体细胞行为
张俊鹏 2023-5-2 22:17
从跨学科对话视角模拟癌症的群体细胞行为 研究癌症的传统方法是研究单个细胞是如何通过一系列逐步突变获得生存、生长和移动能力的。对单个细胞的关注导致了对同源物和肿瘤抑制剂的功能、细胞周期检查点、细胞生长控制、 DNA 损伤修复和细胞死亡机制的重要发现;然而,它已经很难对癌症发展进行更全面和系 ...
个人分类: 科普|631 次阅读|没有评论
单细胞RNA测序数据复杂分析
张俊鹏 2023-5-2 22:15
单细胞 RNA 测序数据复杂分析 单细胞 RNA 测序( scRNA-seq )是一项真正革命性的技术,它极大地扩展了我们对各种生物细胞中转录组的异质性和动态性的理解。该方法于 2009 年首次用于研究第二分裂阶段的小鼠卵裂球。尽管已经证明,在基因表达的定量评估方面,单细胞测序优于微阵列技术,但当时 ...
个人分类: 科普|664 次阅读|没有评论

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