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面向表格基础模型:现状、挑战和机遇
张俊鹏 2024-6-14 21:42
面向表格基础模型:现状、挑战和机遇 毫无疑问,深度学习是近年来许多技术进步的关键驱动力。这一进展在自然语言处理和计算机视觉领域尤为显著,在这些领域,深度学习方法长期以来一直优于传统的工程和机器学习范式。目前发展的前沿是所谓的基础模型——在大量数据上训练的大型通用架构,在各种下游任务中表现出前所未 ...
个人分类: 科普|383 次阅读|没有评论
面向阿尔茨海默病早期诊断的免疫相关血液生物标志物和计算方法研究进展
张俊鹏 2024-6-12 11:07
面向阿尔茨海默病早期诊断的免疫相关血液生物标志物和计算方法研究进展 随着老龄化社会的发展,阿尔茨海默病 (Alzheimer’s disease , AD) 在世界范围内的发病率呈上升趋势。从 2019 年到 2050 年,阿尔茨海默病患者人数估计将增加两倍,从 5740 万增加到 1.528 亿。近年来,阿尔茨海默病导致的死亡人数 ...
个人分类: 科普|443 次阅读|没有评论
发育多巴胺能信号调节神经回路形成与ASD表型相关
张俊鹏 2024-6-11 09:56
发育多巴胺能信号调节神经回路形成与 ASD 表型相关 自闭症谱系障碍 (ASD) 是一种发育障碍,通常表现在儿童早期。虽然临床结果因病例而异,但自闭症的诊断是由于对社交互动和重复行为的兴趣受限。这与扩散张力成像显示的大脑连接中断相吻合。研究表明, ASD 可能会影响几个神经发育过程,包括神经发生、神经迁 ...
个人分类: 科普|369 次阅读|没有评论
GRouNdGAN:基因调控网络引导的因果隐式生成模型来模拟单细胞数据
张俊鹏 2024-6-7 14:00
GRouNdGAN :基因调控网络引导的因果隐式生成模型来模拟单细胞数据 揭示基因调控相互作用,通常被表示为基因调控网络 (GRN) ,在研究不同条件下的生物过程、模拟敲低和敲除实验和确定治疗药物靶点中起着至关重要的作用。 已经提出了许多算法,单独使用或与其他模式一起使用批量或单细胞 RNA 测序数据 (scRNA ...
个人分类: 科普|401 次阅读|没有评论
MicroRNA测序数据的统计建模
张俊鹏 2024-6-5 13:56
MicroRNA 测序数据的统计建模 MicroRNA-seq (miRNA-seq) 数据分析通常使用为批量信使 RNA-seq (mRNA-seq) 开发的方法,如 DESeq2 和 edgeR 。这些方法的一个基本方面是近似独立性假设,允许独立分析每个特征 (miRNA) 。当存在大量独特的 RNA 分子时,这种假设尤其有效,并且测序读数相当均匀地分布在这 ...
个人分类: 科普|491 次阅读|没有评论
缺失值条件下推断基因调控网络:因果视角
张俊鹏 2024-6-5 13:53
缺失值条件下推断基因调控网络:因果视角 基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN) 代表了控制细胞中基因活动的因果关系,对于理解生物过程和癌症等疾病至关重要。通常,对于 p 个基因, GRN 是一个图,其中节点 Z 表示基因表达,有向边表示基因调控。传统的基于实验室的 GRNI 涉及基因敲除实验, ...
个人分类: 科普|403 次阅读|没有评论
IGAN:使用空间偶联基因程序揭示细胞间通讯通路
张俊鹏 2024-6-1 13:36
IGAN:使用空间偶联基因程序揭示细胞间通讯通路 从scRNA-seq数据推断细胞间通讯(CCC)的方法有很多,如CellPhoneDB、CellChat和NicheNet。这些方法基于已知配体-受体对或受体下游基因的表达水平来估计两种细胞类型之间发生CCC的可能性。由于细胞间的通讯往往与细胞间的空间距离有关,近年来随着空间转录组学的兴起,出 ...
个人分类: 科普|555 次阅读|没有评论
癌症标志的RNA互作组
张俊鹏 2024-5-22 09:54
癌症标志的 RNA 互作组 毫无疑问,人类基因组计划的成果已经改变了临床研究的格局。然而,它没有达到许多科学家和政治家 ( 包括比尔 · 克林顿总统 ) 所支持的崇高目标,即揭示大多数 ( 如果不是全部的话 ) 遗传性疾病的基础。该项目完成十年后,《自然》杂志对这一开创性项目的一篇综述总结说,尽管在 ...
个人分类: 科普|448 次阅读|没有评论
评估单细胞测序数据插值方法
张俊鹏 2024-5-20 09:42
评估单细胞测序数据插值方法 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 技术的进步使得在单个细胞的分辨率上探索转录组成为可能。这可以潜在地揭示不同细胞类型之间的异质性和多样性。然而,尽管实验方案有所改进,但各种技术因素导致 scRNA-seq 数据存在大量噪声。此外,低转录本捕获效率和低测序效率可能导致大量零值或低 ...
个人分类: 科普|502 次阅读|没有评论
SifiNet:识别特征基因集和注释细胞
张俊鹏 2024-5-17 09:02
SifiNet :识别特征基因集和注释细胞 单细胞测序技术,包括单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 和单细胞 ATAC 测序 (scATAC-seq) ,使研究人员能够量化细胞组学表型。理想的单细胞数据分析有望帮助研究人员了解细胞组学异质性,提取感兴趣的细胞亚群,识别响应细胞亚群的特征基因集,以及揭示细胞亚群之间的关系 ...
个人分类: 科普|593 次阅读|没有评论

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