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OmnibusX：多组学分析统一平台

已有 345 次阅读 2025-7-7 10:11 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

OmnibusX：多组学分析统一平台

多组学技术的最新进展通过对细胞状态、分子机制和组织水平的详细研究，显著扩大了生物学研究的范围。Bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）和空间转录组学等技术均提供了跨生物系统的基因表达、染色质可及性和空间背景的互补视角。

然而，分析这些数据类型在计算上仍然具有挑战性。研究人员经常依赖于不同的软件工具、命令行界面和复杂的脚本工作流程，这可能会给没有编程专业知识的研究人员带来很大障碍。这些支离破碎的管道也对可重复性提出了挑战。此外，与数据隐私和机构政策相关的担忧，特别是在临床或监管环境中，进一步限制了基于云的解决方案的使用，突显了对安全、本地可执行替代方案的需求。

为了应对这些挑战，Truong等人开发了OmnibusX（图1，https://omnibusx.com/apps），这是一个统一的、以隐私为中心的多组学数据分析平台。OmnibusX将广泛采用的开源软件包与专有分析模块集成到一个不需要编程的图形界面中。通过在单个系统中支持多种组学技术的端到端工作流程，OmnibusX消除了多组学分析中的常见障碍，提高了可重复性，并使更广泛的研究人员能够进行稳健的数据驱动研究。目前，OmnibusX可以免费试用2个月。试用的效果好，可以按月进行服务购买。

图1 OmnibusX架构示意图、模块化设计和数据流。用户首先通过图形用户界面（GUI）提交输入数据，该界面在Python分析服务器上启动后端处理。服务器将输入文件转换为结构化格式，对其进行组织，并将其本地存储在用户的计算机上。OmnibusX在内部管理这些文件，允许用户通过GUI触发特定的分析功能。仅按需加载和处理必要的数据子集，结果返回GUI并呈现为交互式表、图和仪表板。OmnibusX还可以连接到机构内的私有分析服务器，实现集中数据共享和协作分析。在独立和企业配置中，与中央OmnibusX服务器的通信仅限于用户身份验证、许可证验证和下载参考文件，如基因注释或标志物集

参考文献

[1] Linh Truong, Thao Truong, Huy Nguyen. OmnibusX: A unified platform for accessible multi-omics analysis. bioRxiv 2025.06.06.658217; doi: https://doi.org/10.1101/2025.06.06.658217

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC