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SiCmiR：单细胞 miRNA 图谱揭示人类癌症枢纽miRNA 和网络特征: 张俊鹏 2025-9-3 11:22; SiCmiR ：单细胞 miRNA 图谱揭示人类癌症枢纽 miRNA 和网络特征 miRNA （微小 RNA ）是调控基因表达的小型非编码 RNA ，主要通过与 mRNA 的 3'- 非翻译区（ 3'UTR ）结合起抑制作用，一般启动 mRNA 降解和阻断翻译，尽管已有报道称某些 miRNA 可以稳定 mRNA 和 ...; 个人分类: 科普|2545 次阅读|没有评论

SingleRust：大规模单细胞数据分析高性能工具包: 张俊鹏 2025-9-1 19:51; SingleRust ：大规模单细胞数据分析高性能工具包单细胞 RNA 测序已成为解析复杂生物系统中细胞异质性的关键技术。其应用范围从全面的细胞图谱项目到大规模疾病研究以及新兴的临床诊断。随着技术的成熟，数据集呈指数级增长，从早期研究中的数千个细胞到当前超过 1 亿个细胞。这一增长趋势并未减缓， ...; 个人分类: 科普|3458 次阅读|没有评论

复杂网络中的关键节点识别: 张俊鹏 2025-8-30 17:09; 复杂网络中的关键节点识别复杂网络和系统是多个领域的基础，包括社交网络分析、城市交通建模、生物分子结构分析以及金融系统。在这些领域中，理解网络结构、系统架构和功能之间的相互作用是核心研究重点。一个典型的网络由节点组成，代表真实系统中的实体，以及边和编码它们之间的关系。通过利用图结构来模拟现 ...; 个人分类: 科普|2652 次阅读|没有评论

组学数据集架起肿瘤生物学与患者护理之间的桥梁: 张俊鹏 2025-8-27 09:42; 组学数据集架起肿瘤生物学与患者护理之间的桥梁导语肿瘤样本的大规模组学数据生成和分析正变得越来越容易。随着技术的不断进步，如何利用这些数据帮助临床患者呢？组学技术（基因组学、蛋白质组学等）的快速发展揭示了肿瘤的分子复杂性，推动了精准肿瘤学的发展。尽管取得了这些突破，但如何 ...; 个人分类: 科普|2805 次阅读|没有评论

揭示癌症串扰：跨越时空的复杂性: 张俊鹏 2025-8-25 10:41; 揭示癌症串扰：跨越时空的复杂性癌症不是一种单一疾病，而是一个复杂且不断演变的系统。随着肿瘤的生长和扩散，它们与周围组织、免疫细胞、基质成分甚至远处器官进行持续和互惠的交流。这些相互作用是动态的，发生在空间景观（组织内部和组织之间）和时间段（从肿瘤发生到转移性定植）上。随着空间分辨和时间敏 ...; 个人分类: 科普|2885 次阅读|没有评论

piRAT：piRNA注释、分析和可视化工具: 张俊鹏 2025-8-23 12:18; piRAT ： piRNA 注释、分析和可视化工具 PiRNA （ Piwi 相互作用 RNA ）是一类小非编码 RNA ，通常长度为 26-33 核苷酸。因物种而异，最早在 21 世纪初被识别。与其他小 RNA 类似，如 micro RNA （ miRNA ）和小干扰 RNA （ small interfering RNAs ）， piRNA 与 A ...; 个人分类: 科普|3716 次阅读|没有评论

PPMS：从单细胞数据中推断pri-miRNA表达谱框架: 张俊鹏 2025-8-22 08:50; PPMS ：从单细胞数据中推断 pri-miRNA 表达谱框架微小 RNA （ miRNA ）是一类通过部分互补碱基配对抑制靶基因翻译的短非编码 RNA 。细胞利用 miRNA 来控制蛋白质的产生，并在亲本细胞和非亲本细胞中调节关键的生物通路，以介导细胞间的通讯。传统上， miRNA 的生物合成始于从蛋白质编码 ...; 个人分类: 科普|3005 次阅读|没有评论

devil：从数百万个细胞中快速和准确识别差异表达基因: 张俊鹏 2025-8-20 13:18; devil ：从数百万个细胞中快速和准确识别差异表达基因自 1990 年代末 DNA 微阵列出现以来，差异基因表达分析在发现条件特异性转录程序中发挥了核心作用。经典方法基于线性模型和参数的统计测试，假设生物学重复实验中的表达测量在统计上是独立的。这些假设在早期的批量 RNA 测序研究中成立，其 ...; 个人分类: 科普|3104 次阅读|没有评论

SimSpace：空间组学数据模拟计算框架: 张俊鹏 2025-8-18 08:05; SimSpace ：空间组学数据模拟计算框架空间组学技术正迅速发展，揭示了组织功能与细胞的空间组织密切相关。空间转录组学等空间组学技术使分子特征在其原生空间背景下的分析成为可能，为组织结构和细胞相互作用提供了前所未有的见解。理解这些空间模式对于许多生物学问题至关重要，包括组织发育、胚胎发生、神 ...; 个人分类: 科普|2772 次阅读|没有评论

SiCNet：构建细胞特异性因果网络以描绘动态生物过程: 张俊鹏 2025-8-17 18:36; SiCNet ：构建细胞特异性因果网络以描绘动态生物过程单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）技术通过提供单细胞水平的高分辨率、大规模转录组数据，彻底改变了分子生物学研究。借助这项技术，研究人员能够识别组织中的稀有或新型细胞类型，研究细胞分化，并利用计算方法揭示疾病背后的分子机制。许多生物学过 ...; 个人分类: 科普|2958 次阅读|没有评论

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