PSI-BLAST 即Position-Specific Iterated (PSI)-BLAST，是一种更加高灵敏的Blastp程序，对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效，适用于使用标准的Blastp比对失败时，或比对的结果仅仅是一些假基因或推测的基因序列时（"hypothetical protein" or "similar to..."）。

PSI-BLAST使用方法

1. 访问NCBI-BLAST 在线比对网址（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi），选择 Protein BLAST 

2. 粘贴或上传需要比对的序列之后，Program Selection 选择 PSI-BLAST，运行blast。

3. 勾选所需的序列，点击运行，生成PSSM打分矩阵。

4. 运行后会根据打分矩阵将第一轮中遗漏的部分（黄色）抓取回来。

5. 反复多次比对，直到新的结果不再出现或者程序明确指出不会再有新的结果出现时，可以停止比对循环。

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