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小白求助各位大佬,微生物数据稀释之后可以进行异常值剔除吗

已有 401 次阅读 2025-7-14 11:10 |系统分类:科研笔记

在R中使用中位数进行了微生物数据的稀释,稀释后做alpha多样性图,比如横坐标为分组,纵坐标为richness值,箱型图。但是箱型图有极端值,如下图第三个柱子所示

image.png

之前也尝试了不同的异常值处理,比如IQR(箱线法)和MAD(绝对中位差)处理,还了解到可以进行z-score但是因为z-score是针对于正态数据的,微生物样本是非正态数据,所以目前只使用了IQR和MAD。

使用MAD结果会更好一些,因为MAD可以设置更严格或者更保守的去除异常值策略,而且因为我的样本量很大,所以异常值是直接剔除的,异常值不超过样本量的50%并且剔除异常值后每组样本也保证数量≥3。

现在疑惑的问题是,我这么处理是合理的操作码,因为我看文献和网站都暂时没看到微生物数据剔除异常值的问题,还有我的数据经MAD处理之后,有接近显著性的alpha多样性指数变成了显著性,这种结果是可以接受的,稳定的吗?还是说需要斟酌的。

希望有好心人帮我解答这个问题,感激不尽!



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1 王涛

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