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去西班牙贝纳斯克镇参加《RNA结构与功能的计算方法》会议有感 精选

已有 7155 次阅读 2024-8-2 23:18 |个人分类:心得体会|系统分类:科研笔记

导言:从来没有参加过一次长达两周的学术会议。但当会议组织者Eric邀请我的时候,我毫不犹豫地答应了。这个每三年一次,坚持了近二十年的关于RNA计算的会议,一定有它存在、不断吸引人回来的独特理由。以往开一天会,人就累得像条狗似的,两个星期这么长的会议是什么感受?我把所见所闻记录下来,供其他会议的组织者参考,希望国内也能涌现这样人人可以平等地交流、讨论、批评、指正,而且每天还能头脑清醒、精神抖擞地去参加的纯专业学术交流。

去年9月,国际著名分子生物学家,法国科学院、 德国科学院、欧洲科学院三院院士,阿尔萨斯地区科学家联盟副主席、法国斯特拉斯堡大学(University of Strasbourg)教授Eric Westhof在访问深圳湾实验室的时候,邀请我参加他和哈佛大学Elena Rivas博士组织的,原来三年一次,最近两年一度的、在西班牙贝纳斯克镇举行的《RNA结构与功能的计算方法》会议。这是一个只有被批准的人员才能参加的会议,听说每次申请者不乏被拒的。由于我长期在蛋白质结构预测、蛋白质设计方面工作,仅在2013年到了澳洲之后,才逐渐把重心转移到RNA结构功能方面的计算和实验。但在澳大利亚这个孤岛上,几乎没有小同行,消息也不灵通。 实际上本次会议也只有一个人来自澳洲,而且是不久前从美国搬到澳洲的。2021年我回到中国后,开始认识了一些国内研究RNA的同行们,一听Eric说还有这样专业对口的国际会议,喜出望外,感觉终于找到组织了。尽管这个会议需要整整两周、而且我上个月在上海出差摔倒,三根肋骨骨折了,咨询医生意见后义无反顾地出发了。

图中是我住的酒店,晚上酒吧太吵闹。整个镇上的饭店只有土著菜系,超市里的新鲜蔬菜种类非常少。下次要租一个带厨房的远离酒吧的公寓,自己煮饭烧菜。两个星期,中国胃缺乏中国菜,有点吃不消了,这是会议美中不足的地方。

 

来之前,就觉得这个会议挺特别的,一直不知道会议的日程安排,也不知道需要我在什么时间段去讲点什么,所以也没有特别准备,心想既然没安排,就到了再说,反正两周呢。开会的前一天我到达西班牙的巴塞罗那,虽然飞机有点晚点,但还是赶上了会务安排的下午3点的大巴,几乎坐满了,不得不坐到最后一排,心里有点嘀咕,会不会晕车啊?还好,司机开得挺稳的,中间停了一次,经过了看起来挺荒无人烟的地带,4个小时后才到了目的地。

贝纳斯克是一块四面环山的盆地,人口只有一千多人的小镇,风景非常美,是比较发达的旅游胜地,但看起来都是本地人来玩,听不见太多讲英语的。会议地点在一个离开镇中心几步路的小会议中心,是一个不怎么起眼的三层楼。这个会议中心平时举办的都是物理方面的会议,因此里面还有一个爱因斯坦的雕塑。 而今年4-9月全都排满了,一般会议都是两周。我们这个会议是唯一非物理会议 (中心网站:http://benasque.org)。

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毫不起眼的会议中心,三层小楼。

 

到了目的地后,得到通知:明天第一天的安排,居然仅仅是上午11点才有一个1小时的报告,然后中午休息到下午5点才有另外一个1小时的报告,之后是1小时的会议议程讨论。也就是说第一天只要开3小时的会就可以了,这么轻松,以前是闻所未闻的,西班牙风格果然不同寻常。

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300欧元会议注册费送的唯一成品,没有包、笔记、会议指南、赞助商手册,而且要回收,挺环保,就是名字字体要是再大点,远远就能看清楚就更完美了。

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第一天的安排,实在轻松,原以为只是“开胃菜”,没想到是天天这样开胃呢!

 

关于会议议程,以前参加的会议都是事先搞定的,一般是由组织者主导,邀请能够吸引听众的重量级人物,以及从参会者提交的会议摘要中挑选出来的。没有想到这个会议议程的讨论由全体参会人员参加,不管你是教授、博士后还是学生。这次一共有19个国家的83人参加,大多数人来自欧洲地区,另外,中国有6个,美国有10个,加拿大有13个。首先Elena把历年来讲过的多个关于RNA的主题放在屏幕上,同时邀请大家建议这次会议主题,可以是新主题。当一个主题有人提出或者附和,往往就点名他/她作为那个主题的组织者。每个主题可以有2个小时,4-5个报告,一天有2个主题(11-13点, 18-20点),因此一天有10个报告,两周9天,(除了第一天,而且周末不开工!)最多有90个报告。因为总共只有80多人,其中相当一部分是学生、博士后,只要想做报告的,不管什么身份基本上都有机会做报告了。刚开始就安排第二周的,看样子第一周是内定给只能第一周参与的人。原则上每个人只能做一次报告,但是有些课题组来了好几个人,因此就可以讲几次了。

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快速地决定会议议程

我提议的主题是RNA二维结构预测,我就被定为这个主题的组织者了。一旦主题的组织者定下了之后,想在该主题做报告的人自己去找组织者就行了。有的主题(例如RNA设计)想讲的人太多了,就分给了两个时间段。整个会议议程计划只花半小时就搞定了。结束后,有三个人主动找我说要在这个二维结构预测方向做报告,这样包括我正好四个人。而我也报名参加了有实验数据帮助的2/3维结构预测的主题报告,也算是脸皮厚去争取了第二个报告的机会。我的两个报告都是第二周的,开始有点明白为什么来之前没有会议议程,这是要“绑架”大家在这里待上两周的小“伎俩”。但还是有几个人跟我说只能待第一周,将错过我的报告。 我估计他们应该都事先跟组织方通气了,看得出来他们的主题和报告都是放在第一周的。后来有几个主题报名的比较多,最多的有7个人讲,因此每个人的时间就比较短。时间段都分完后,也有人自发组织了RNA溶剂效应的兴趣主题,找了一天在正式会议前提前一个半小时开分会。总之,可以自己组织主题,只要有人愿意做报告,能够吸引人愿意去听就行,非常自由。

会议开了几天后,就明白这里的作息习惯了:起得晚,所以会议11点才开始。夏日的白天长,晚上9点依然亮堂堂的,所以18-20点开会算是下午、而不是晚上,20点才吃晚饭。而西方的晚餐先小吃,再正餐,然后咖啡/甜食,再加上喝红酒。吃完就晚上12点了。因此,这里的山区人民人为地把时间向后推迟了2小时,如果减去这2小时的话,会议的议程就变成上午9-11点的,下午4-6点的两段会议,就正常多了。尽管每天开会时间只有4小时,似乎有点短。但事实上,这个会议中心的设计是人人有24小时密码进入,一楼、二楼都有办公室可以去办公,一楼还有休息区有冰箱,沙发,棋盘,钢琴、提琴供大家放松。二楼办公室和走廊上,到处是黑板和粉笔供大家随时随地讨论。早上和中午不开会的时间是给大家讨论,办公用的。的确,每次稍微晚到,办公室基本是满的,时常有人在讨论和交流。对我来说,由于跟国内有6小时的时差,正好在上午11点开会前,完成国内每天必须处理的事务,包括多次参加北京时间下午2-5点远程会议,还参与了一次国内线上答辩。

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24小时开放的办公室有讨论用的白板,在走廊有黑板。

 

到了第二周,离开的只是很少一部分人,大多数人还在,充分体现了会议的吸引力。事实上,有不少人开始报告的时候,讲他/她是连续第几次参加这个会议了,有的人甚至放上了当年参会时非常年轻的照片。的确,这次会议基本上把RNA计算的方方面面都包括进去了,当然并不是世界上所有的顶级RNA人物都来了,多年好友密苏里大学的陈世杰就缺席。有的人自己没有来,就派学生来了,例如斯坦福大学Das组派的就是学生。国内也有好几个做RNA计算方面很优秀的人,可能由于组织者不熟悉,未邀请,或者被邀了由于太忙没有来,更多的人是不知道这个会议,相信今后应该会有更多国内的人熟悉这个会议并积极参与。

我在第二周的星期一和星期二晚上分别做了两个报告。一个是关于利用RNA人工同源序列突变体的不同迁移速度来挑选与野生型有相同结构的RNA,从而可以比较通过共进化分析获取三级结构稳定的碱基对,并由此进一步预测RNA三级结构。所有测试的6RNA,预测的精确度都在9Å RMSD之内,LDDT分数都在0.6以上,比AlphaFold 3为代表的深度学习方法要好,也比其他基于能量函数的方法强。另一个是讲我们SPOT-RNA,这个五年前发展的、第一个深度学习RNA碱基对预测方法,在用于RNA-RNA相互作用预测上,体现了能够泛化的能力。

这个两周会议终于结束了,虽然很想家,我并没有患上通常的会后综合症:精疲力尽,才思枯竭。相反,对自己做的几个方向有新的体会和考量,也认识了今后可能合作的新朋友。总结下来,主要原因是劳逸结合,会议与空隙时间,工作、休息在交叉进行,可以时常换脑筋,有点象在工作的时候,抽空去听听讲座一样。其实,这个会议的风格跟美国的戈登会议(Gordon Research Conferences)风格很相似。在导师的推荐下,我在美国读博士研究生的时候第一次参加过,后来自己申请也被批准去过一次,并做了一个短报告。一般是一个星期的会,上午、晚上有会,但下午是自由活动,通常会议时间比这次RNA会议的4小时要长几个小时,晚上开到很晚,还有海报时间(poster session),当时就很喜欢这个风格的会议。但后来参加的更多的是Telluride研讨会,因为专业更加匹配我们做的方向,同时召集人是朋友,这个会也是一周,但白天都在开会。也参加过苏州冷泉港会议,基本上也是一天到晚都是报告。这次参加贝纳斯克会议让我回忆起当年戈登会议的好时光。

这次会议跟我在国内参加的会议一个大的不同在于教授与学生之间没有区分,也没有演讲与非演讲者之分,大家会议前后都有充分的时间去自由交流,自由提问,自由组队吃饭,是社牛就可以发挥到淋漓尽致,社恐跟着社牛走,也可以有所收获。 本次会议除了欢迎和欢送的两次小食(reception)以外,不包饭。周末没有报告,自发组织野外活动,有点像团建一样。很多人参加了周末山区徒步,走了6小时。可惜我由于有伤,这次不敢参加长距离的活动,错过了与更多人接近交往的机会。尽管如此,与欧美做RNA计算的科学家近距离交流、学习、以及宣传我们工作的目的达到了。下一次会议定在20267月,我把那个时间段圈出来了,计划再来。

自从2021年回国之后,大大小小的线上、线下会议参加近百次了。国内会议比国外的多多了,原因是国内科研机构多,人员广,全国的、省市的各级会议都有。多数利用周末,报告连轴转,一天下来筋疲力尽。参会者的身份一目了然,报告人的名牌颜色鲜亮,有前面雅座,单独的会餐,这样与学生,以及其他老师的交往、交流的机会无形中少了。有些会议常常以多名院士、杰青参会的招牌来吸引人。在贝纳斯克这样纯学术的会议,科学面前,只有真理,没有地位的高下。演讲者只介绍名字,和单位,毕竟大家更关心的是讲的内容。戈登会议在香港有分会,冷泉港会议在苏州有分会。但我觉得在一个慢节奏的边远山区小镇开会,效果会很不一样。早先的戈登会议就是在前不靠村,后不靠店的新罕布什尔州高中的宿舍和教室进行的,费用极低,延伸到其他地方之后就变味了。期待国内今后也能够出现像贝纳斯克会议这样的,便于交流的、让更多的年轻人抛头露面、让大脑放飞的会议。



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