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mLife专题分享 | 微生物遗传研究
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mLife已正式出版6期，报道内容涵盖微生物学领域的各个学科，下面分享的8篇文章聚焦微生物遗传研究。
本期专题文章包括1篇Review，5篇Original Research，1篇Application Note，1篇Opinion。Review文章来自中国科学院水生生物研究所张承才研究员团队；Original Research文章来自中国科学院微生物研究所向华研究员团队、华中农业大学生命科学技术学院李英俊研究员团队、山东大学申玉龙教授团队、日本东京农业大学Wolfgang R. Hess教授团队、内蒙古大学莫日根教授和范丽菲副教授团队以及挪威奥斯陆大学Kirsten Skarstad教授；Application Note文章来自病原微生物生物安全国家重点实验室周冬生团队和中国科学院北京基因组研究所陈非团队；Opinion文章来自南京医科大学基础医学院刘星吟教授。
Review
“Life is short, and art is long”: RNA degradation in cyanobacteria and model bacteria
Ju-Yuan Zhang, Wolfgang R. Hess, Cheng-Cai Zhang
中国科学院水生生物研究所张承才研究员团队对蓝细菌中RNA加工降解调控的主要研究进展进行了回顾和总结，对蓝细菌和模式菌株中RNA代谢酶及降解体类进行了系统比较。文章揭示：1）不同细菌进化出了不同的RNA代谢相关酶类，但各细菌中RNA降解的总体过程类似；2）蓝细菌中存在的RNA酶的种类和数量与已知的模式菌株中的存在显著差异；3）蓝细菌的RNA酶与模式菌株中同源蛋白的生化性质大多类似，但它们在细胞中的重要性不尽相同；4）蓝细菌与E. coli的RNA降解体都以RNase E为核心，但组装方式和组分明显不同。
Zhang J-Y, Hess, WR, Zhang, C-C. “Life is short, and art is long”: RNA degradation in cyanobacteria and model bacteria. mLife. 2022; 1: 21–39.
https://doi.org/10.1002/mlf2.12015
Original Research
Reprogramming the endogenous type I CRISPR-Cas system for simultaneous gene regulation and editing in Haloarcula hispanica
Kaixin Du, Luyao Gong, Ming Li, Haiying Yu, Hua Xiang
中国科学院微生物研究所向华研究员团队对I型CRISPR-Cas系统功能进行了深入系统的研究，发现仅通过改造spacer长度，在不敲除cas3的情况下，利用I型系统可同时实现基因组编辑和基因转录调控。
Du K, Gong L, Li M, Yu H, Xiang H. Reprogramming the endogenous type I CRISPR‐Cas system for simultaneous gene regulation and editing in Haloarcula hispanica. mLife. 2022; 1: 40–50.
https://doi.org/10.1002/mlf2.12010
High-efficiency genome editing of an extreme thermophile Thermus thermophilus using endogenous type I and type III CRISPR-Cas systems
Jinting Wang, Junwei Wei, Haijuan Li, Yingjun Li
华中农业大学生命科学技术学院李英俊研究员团队系统研究了嗜热栖热菌内源I型和III型CRISPR-Cas系统的核酸干扰能力，并基于此开发了高效基因组编辑工具和报告基因系统，构建了高产超氧化物歧化酶（SOD）工程菌株。研究结果为极端嗜热菌的遗传学研究及其底盘细胞的工业应用提供了参考。
Wang J, Wei J, Li H, Li Y. High‐efficiency genome editing of an extreme thermophile Thermus thermophilus using endogenous type I and typeIII CRISPR‐Cas systems. mLife. 2022; 1: 412–427.
https://doi.org/10.1002/mlf2.12045
The archaeal KEOPS complex possesses a functional Gon7 homolog and has an essential function independent of the cellular t6A modification level
Xia Cai, Jiaxin Qin, Xuelian Li, Tao xiong Yuan, Bing Yan, Jun Cai
山东大学申玉龙教授团队系统研究了泉古菌冰岛硫化叶菌（Sulfolobus islandicus REY15A）KEOPS复合体的组成和功能，发现古菌编码的Pcc1-like蛋白是真核生物Gon7亚基的功能同源蛋白，同时发现KEOPS具有t6A修饰外的必需功能，推测为DNA同源重组修复。
Wu P, Gan Q, Zhang X, Yang Y, Xiao Y, She Q, et al. The archaeal KEOPS complex possesses a functional Gon7 homolog and has an essential function independent of the cellular t6A modification level. mLife. 2023; 2: 11–27.
https://doi.org/10.1002/mlf2.12051
Regulation of RNase E during the UV stress response in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
Satoru Watanabe, Damir Stazic, Jens Georg, Shota Ohtake, Yutaka Sakamaki, Megumi Numakura, Munehiko Asayama, Taku Chibazakura, Annegret Wilde, Claudia Steglich, Wolfgang R. Hess
日本东京农业大学Wolfgang R. Hess教授团队研究结果表明，紫外线诱导的胁迫会影响蓝藻RNase E的表达、mRNA水平和活性的自动调节能力。
Watanabe S, Stazic D, Georg J, Ohtake S, Sakamaki Y, Numakura M, et al. Regulation of RNase E during the UV stress response in the cyanobacte-rium Synechocystis sp. PCC 6803. mLife. 2023; 2: 43–57.
https://doi.org/10.1002/mlf2.12056
A DnaA-dependent riboswitch for transcription attenuation of the his operon
Yuan Yao, Hongwei Sun, Wurihan, Gegeheng, Gezi, Kirsten Skarstad, Lifei Fan, Morigen
内蒙古大学莫日根教授和范丽菲副教授团队与挪威奥斯陆大学Kirsten Skarstad教授研究发现复制起始蛋白DnaA调节his操纵子结构基因但并不调控前导基因hisL转录；DnaA通过rDnaA boxes（RNA分子上DnaA结合位点）与转录衰减调控区HisL-SL RNA相互作用而增强his操纵子转录衰减；该机制在革兰氏阴性菌中保守。该文提出了DnaA依赖的his操纵子转录衰减核糖开关模型。
Yao Y, Sun H, Wurihan, Gegeheng, Gezi, Skarstad K, et al. A DnaA‐dependent riboswitch for transcription attenuation of the his operon. mLife. 2023; 2: 126–140.
https://doi.org/10.1002/mlf2.12075
Application Note
DANMEL: A manually curated reference database for analyzing mobile genetic elements associated with bacterial drug resistance
Peng Wang, Xiaoyuan Jiang, Kai Mu, Ying Jing, Zhe Yin, Yujun Cui, Cuidan Li, Xinhua Luo, Fangzhou Chen, Ting Yu, Zhichen Zhu, Yansong Sun, Fei Chen, Dongsheng Zhou
病原微生物生物安全国家重点实验室周冬生团队和中国科学院北京基因组研究所陈非团队研究基于对耐药移动元件纯手工精细注释，完成包括整合子、转座子、质粒等大量参考/原型耐药移动元件的精细注释，并以此构建耐药移动元件的参考数据库，为耐药移动元件研究提供准确、精细、全面的参考数据。
Wang P, Jiang X, Mu K, Jing Y, Yin Z, Cui Y, et al. DANMEL: a manually curated reference database for analyzing mobile genetic elements associated with bacterial drug resistance. mLife. 2022; 1: 460–464.
https://doi.org/10.1002/mlf2.12046
Opinion
The interaction of gut microbiota, genetic variation and diet in Autism Spectrum Disorder
Xingyin Liu
南京医科大学基础医学院刘星吟教授回顾了近年来关于遗传变异、肠道菌群和饮食因素及其相互作用对ASD影响的重要研究进展，指出了在生命早期关注肠道菌群对神经发育的重要性。
Xingyin Liu. The interaction of gutmicrobiota, genetic variation, and diet in autism spectrum disorder. mLife. 2022; 1: 241–244.
mLife
期刊简介
mLife是由中国科学院主管、中国科学院微生物研究所主办（中国微生物学会为合作单位）的我国微生物学领域第一本综合性高起点英文期刊。mLife瞄准全球微生物学领域高水平科研成果和前沿进展，报道内容覆盖微生物学各个学科。mLife的办刊目标是打造微生物学领域国际旗舰期刊。
mLife@im.ac.cn
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