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LncCE：正常和癌症细胞内特异性高表达lncRNA数据库

2025-9-14 17:55

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LncCE：正常和癌症细胞内特异性高表达lncRNA数据库

长链非编码 RNA（lncRNA）是一类非编码 RNA，其长度超过 200 个核苷酸，通常不被翻译成蛋白质。lncRNAs 被广泛公认与多种关键生物学功能密切相关。为了维持组织形态，它们也可能参与癌症进展。

越来越多的研究已经全面地描述了在批量转录组中的基因。除了组织特异性基因外，还有两种类型的基因，即组织增强和组织富集基因。这三个类别的基因都表现出组织特异性升高，只在某些组织中表达。也就是说，基因表达主要在其他组织中更高，基因的表达模式在几种组织中有所提高。已被不断在正常组织和癌组织中识别和验证，并且它们作为癌症诊断和预后的生物标志物的潜力也已得到讨论。因此，对空间表达的全面表征可以揭示 lncRNA 在不同组织和癌症中的功能。实际上，当前转录组分析的发展揭示了更强的组织特异性表达lncRNA 比蛋白质编码基因更丰富。例如，在正常和癌组织中升高的lncRNA 表达模式，其关键作用在维持形态和功能方面得到揭示。

单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）技术对于分析基因在单细胞水平上的空间表达模式提供了一种前所未有的机会，探索与致癌相关的分子机制。新兴研究也调查了 lncRNA 在正常和癌细胞，并通过实验进一步验证了与细胞相关的 lncRNA 参与细胞周期进程和细胞凋亡的特定状态功能。例如，研究发现特异表达于 T 细胞的 lncRNA在癌症免疫中发挥重要。然而，目前在单细胞水平上对 lncRNA 表达的了解还很少，并且仍然没有利用大规模 scRNA-seq 数据的全面数据库提供跨人类组织和癌症的细胞升高（CE）长链非编码 RNA 表达图谱。

为应对这些挑战，Xu等人构建了公共资源，特异性高表达lncRNA 数据库LncCE（http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncCE，图1）, 这是 CE lncRNA 的景观。在正常组织和癌组织中分离单个细胞。CE lncRNA被全面确定，并根据其在中的主导地位进一步分为三类：细胞特异性（CS）、细胞富集（CER）和细胞增强(CEH)。LncCE 不仅提供了 lncRNA 的 CE 表达模式，还可以用于下游分析，例如识别新的细胞标记和比较不同细胞状态下 lncRNA 的 CE 表达模式。因此，LncCE可能显著帮助研究界理解lncRNA 在细胞、组织和肿瘤发生过程中的功能。

图1 LncCE数据库设计框架

参考文献

[1] Xu K, Liu Y, Lv C, Luo Y, Shi J, Zou H, Zhou W, Lv D, Yang C, Li Y, Xu J. LncCE: Landscape of Cellularly-elevated lncRNAs in Single Cells Across Normal and Cancer Tissues. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2025 Aug 20:qzaf069. doi: 10.1093/gpbjnl/qzaf069.

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC