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安装 SPOT-1d 遇到的问题
安装 anaconda +tensorflow
很好的教程:
https://my.oschina.net/u/876354/blog/1924805
使用 conda 来安装软件包。
一般来说,尽量不要混合使用 conda和pip安装。
如果conda实在找不到这个软件包,再使用pip install
需手动安装 tqdm pandas
# https://blog.csdn.net/weixin_42001089/article/details/81807197
问题:
使用pip 安装tensorflow 太慢;或者如下错误信息
pip install tensorflow network unreachable
解决方法:可以使用国内的源
pip install --index-url https://pypi.douban.com/simple tensorflow
类似地,
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple numpy
问题:
pickle.load(f) typeerror a bytes-like object is required not 'str'
这是因为使用了 python3来读取 python2 存储的pickle文件。
解决方法:
import pickle
picklefile=open('YourFile.pk','rb')
data=pickle.load(picklefile,encoding='iso-8859-1')
print (data)
问题:
tensor flow版本问题 以及:
RuntimeError: Exporting/importing meta graphs is not supported when eager execution is enab when eager execution is enabled.
解决方法:
import tensorflow.compat.v1 as tf
#To make tf 2.0 compatible with tf1.0 code, we disable the tf2.0 functionalities
tf.disable_eager_execution()
运行之后发,先比较慢,
现象:
sys:1: DtypeWarning: Columns (0,1) have mixed types. Specify dtype option on import or set low_memory=False.
解决方法:
在pd.read_csv 命令中添加 low_memory=False
import pandas as pd pd1 = pd.read_csv('your.csv', )
### 运行
conda activate YOUR_Environment (tf)
./run*.sh
conda deactivate
现象:
ValueError: Object arrays cannot be loaded when allow_pickle=False
解决方法: 1.16.1 或者 1.16.2
conda install numpy=1.16.2
现象
python2 python3 print问题
解决方法
在文件最上面 添加:
from __future__ import print_function
Run your own fasta file
spider3_pred.py
load_bioinf_data.py
现象 找不到ccmpred
解决方法:自己安装,从以下地址
https://github.com/soedinglab/CCMpred
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GMT+8, 2024-10-19 21:47
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