cliffgao的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/cliffgao 兴趣:生物信息学、统计、概率

博文

RNA-seq 测序数据表达数据类型

已有 3829 次阅读 2020-3-11 14:17 |个人分类:癌症|系统分类:科研笔记

参考: https://www.omicsclass.com/article/1059

https://www.jianshu.com/p/751487db59b5


TCGA的 RNA-Seq 转录组表达数据中,有三种 HTSeq-Counts, HTSeq-FPKM,HTSeq-FPKM-UQ


  1. Counts:比对到exon上的reads 数目。

  2. FPKM  Fragment Per Kilobase of transcript per Million mapped reads. 主要针对 双端测序表达量 计算pair-end。

  3. FPKM-UQ:  The total protein-coding read count is replaced by the 75th percentile read count value for the sample in FPKM.

    其他:

  4. RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads:  主要针对单端测序数据 single-end-RNA-seq。

  5. TPM: Transcripts Per Kilobase of exon model per Million mapped reads.  先对基因长度标准化,然后测序深度进行标准化。

    TPM_i=(FPKM_i/ SUM_j {FPKM_j} ) *10^6




https://wap.sciencenet.cn/blog-468005-1222958.html

上一篇:生存分析中 摘记
下一篇:安装 SPOT-1d 遇到的问题
收藏 IP: 111.165.25.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-3-28 23:26

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部