在蛋白质一级结构的基础上，即一个由特定排列序列的氨基酸残基组成的多肽链，由连续的若干个氨基酸残基所形成的小尺度上结构，这种小尺度上的结构常见的基本上有三种形式：1）ɑ-螺旋；2）β-构象；3）β-转角。前两种是多肽链在局部的基本形式，后一种出现在在多肽链的180度转折处，一般由4个氨基酸残基构成，甘氨酸和脯氨酸常出现于此回折处。α-螺旋的形式还可以区分为左手螺旋和右手螺旋。对于一个特定蛋白质的多肽链包含有多少个α-螺旋，哪个是左手的，哪个是右手的，会形成几个β-构象，相互之间是相间、相续的，相间几个，相续几个，各α-螺旋分别包含几个氨基酸残基，一个螺旋含几个氨基酸残基，形成了几个螺旋，螺旋轴的平均半径有多大等；以及各β-构象包含几个氨基酸残基，所形成的Z-字形结构的折角角度等，进而这些局部的结构又会形成多少个β-转角，每个转角当然又有上转，下转，左转，右转的区别，这个应该就是该蛋白质的独有秘密了，当然这也是蛋白质二级结构的重要性所在，以及作为形成蛋白质三级和四级结构的桥梁的依据。