近日，上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢全国重点实验室童垚俊团队（Microbial Synthetic Biology Lab，简称MiSynBio Lab）联合丹麦技术大学诺和诺德基金会生物可持续性发展中心（The Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability）的Tilmann Weber教授以及Kai Blin教授，在CRISPy-web 2.0基础上全面升级，推出了全新升级多模式、多系统向导RNA设计一体化平台CRISPy-web 3.0：https://crispy.secondarymetabolites.org/。该版本首次将Cas9、CRISPR干扰（CRISPRi）以及TnpB/ωRNA系统（STAGE, Streptomyces-compatible TnpB-assisted genome editing, 见推文https://mp.weixin.qq.com/s/5TiwFserxoMlK4MyWAF1bw）整合到同一框架中（图1）
我们还在CRISPy-web3.0中引入了支持针对不同基因编辑模式和目标区域（如ORF、5′UTR）的可视化向导RNA设计，并整合基于错配容忍度和位点背景的评分系统，以优化gRNA选择（图2）。
该平台针对的使用群体是但不仅限于非模式微生物（尤其是放线菌），完全开源免费，已广泛服务于学术界与工业界的微生物基因组工程研究。CRISPy-web 3.0不仅是领域内不多见的可以自行上传定制化基因组文件的RNA引导序列设计软件平台，还和天然产物生物合成基因簇著名预测软件anti-SMASH打通，可以直接从anti-SMASH调取job ID进行RNA引导序列设计（图3）。
相关成果发表于Synthetic and Systems Biotechnology期刊, 研究生杨思瀚和蔡祖鹏为文章共同第一作者。Tilmann Weber和Kai Blin为文章共同通讯作者，童垚俊为最后通讯作者。工作得到了国家重点研发（2021YFA0909500），自然基金（32170080、32370026）、上海市“科技创新行动计划”合成生物学领域项目（24HC2810200）、上海交通大学“基础研发特区计划” （21TQ1400204）以及微生物代谢全国重点实验室开放课题、重点课题等多个基金资助。
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