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一、VFDB数据库介绍
VFDB(https://www.mgc.ac.cn/VFs/)是一个专门针对细菌毒力因子(Virulence Factors, VFs)的综合性在线数据库,旨在系统整理和注释与细菌致病性相关的基因、蛋白质及其功能机制,为治疗和预防传染病提供新思路。通过VFDB注释,我们可以快速确定待分析样本的毒力基因携带情况。
VFDB两大核酸和蛋白的VF数据集:
core dataset (setA) :核心数据集,仅包含经过实验验证的高质量毒力因子,数据量较小,但可靠性高,适用于精确分析。
full dataset (setB):全数据集,包含所有预测和注释的毒力因子,包括通过生物信息学预测但未经实验验证的基因/蛋白,覆盖面更广,但可能存在假阳性或功能不明确的情况。
二、传统分析方法概述
VFDB的数据集注释,包括setA、setB,虽然提供了比对窗口,但其实并不合适在线运行。因此通常情况下,我们需要将数据集下载下来,本地部署BLAST/DIAMOND分析环境,并建立标准化分析流程,以完成毒力因子分析。
而这就需要我们熟练掌握命令行操作,能自行解决软件安装运行中的一系列可能问题,并定期完成数据库更新,这对于大多数没有生信基础的用户来说可能会比较麻烦。
三、生信云零基础做生信
唯那生物推出的生信云平台服务(https://cloud.mimazi.net),可以帮助大家更方便的进行VDFB数据库注释,将操作流程简单化,无需安装软件,无需配置环境,即可快速输出VFDB注释结果,云平台同时支持setA/setB双数据集分析。
仅需微信扫码注册一个账号,找到免费小工具“微生物基因组VFDB数据库注释”,提交全基因组蛋白序列(fasta格式),就能直接得到注释结果并完成下载,是不是非常简单。
此外,密码子生信云还提供云流程和其它各色小工具分析服务。
为细菌基因组研究量身定制的智能云流程从基因组测序原始数据(fastq)或组装序列(fasta)出发,一键化完成细菌基因组全套分析流程,包括基因预测、多功能注释和多数据库分析。而多种多样的实用小工具,可以为您精准解决碎片化需求,包括序列处理、统计绘图、基因组注释等等,助力您轻松完成数据分析。
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