课程链接：《微生物比较基因组与群体进化》

微生物比较基因组已经成为了研究单菌基因组功能和进化方式的必备手段，深入而系统的比较分析，可以发现很多有价值的基因和潜在功能，为下游的功能基因组学研究提供了有力指引，同时，漂亮的比较基因组图谱也会极大程度上增加文章的影响力。

课程简介

本套课程是《微生物比较基因组精品系列课》的子课程，将大型课程中的微生物变异检测分析的板块独立出来汇编成了《微生物比较基因组与群体进化》课程。本版块的课程侧重于讲解微生物基因家族、微生物变异位点和基因检测、微生物群体进化的内容，旨在快速掌握重测序分析、SNP检测和大样本量的SNP群体进化分析的内容。

课程目录

01、 微生物比较基因组研究思路与方法

第一节：比较基因组学导论

微生物组学层面的研究热点

比较基因组学研究的底层逻辑

比较基因组学的研究内容和典型案例解读

第二节：微生物基因家族研究方法

基因家族的基本概念

基因家族研究的意义

基因家族研究的方法和思路

微生物基因家族分析典型案例剖析

第三节：微生物泛基因组学研究方法和同源基因分析

泛基因组学研究的意义

泛基因组学研究方法和思路总结

微生物泛基因组学典型案例剖析

02、微生物变异检测与群体进化生信实操

第一节：微生物重测序研究理论知识串讲

微生物微进化和群体进化分析方法

微突变的类型和生物学意义

研究微生物SNP、缺失插入突变的软件

第二节：如何使用Snippy软件分析样本间的SNP和插入缺失

Snippy软件的工作原理和流程

Snippy软件需要的各类软件和环境检测

Snippy软件使用实操和注意事项

Snippy软件分析结果的生物学意义解读

第三节：使用Mauve软件基于组装结果找SNP实操课

Mauve软件的安装与应用范围

Mauve软件在分析微生物基因组差异中的优点和局限性

基于Mauve软件分析多个样本之间的SNP差异

第四节：使用kSNP3软件分析大样本量基因组之间SNP并构建进化树

kSNP3软件的应用范围和参数解读

kSNP3软件进行大样本量微生物基因

组群体进化分析实操

结果解读和经验分享