高通量测序测细菌：为我所用
2011-11-11 11:45
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标签：生物技术, 创新创业
有了高通量测序技术以后，研究细菌也有了新的工具。全基因组测序发现人和人之间有千分之一的碱基可以因为多态变异而不同。那么细菌呢？在世界各地分离到的同一个种类的细菌是否在基因组水平上也具有高度的保守性？
下面这篇论文（点图连接）用高通量测序技术去测在不同时间和地点分离出的八株同一种细菌， Enterococcus faecalis, 结果发现相互之间在基因组水平上竟然有30％可以是不同的。或者说，有70％是保守的。
这个图可以看到八个不同的菌株基因组上的差异。
这要是在人就不可想像了，在基因组水平上有30％的差异还能归类相同？
我注意到这个现象是因为正在设计一个多重PCR的临床诊断试剂，其中包括E. faecalis. 如果选择的检测基因不是属于那70%的保守区，诊断的假阴性就会很高。所以在试剂研发过程中我们都要对每个细菌“知根知底”才行，引物一定要设计在比较保守的区域。
有人烧钱测各种细菌，我们这些做试剂研发的就省力了。研发感染性疾病的分子诊断试剂现在真是很轻松，几乎所有临床上重要的病原体都有全基因组测序。很多机构还针对某个病原体重点测序，反复做。因为现在测一个细菌的基因组已经非常便宜了。几年前还需要五万美金，现在五千都不用了。
作为一个科学家，工作在这个时代真是很畅快：要文献有文献，要数据有数据，都是足不出户就在掌握之中。我半个小时看到的有关细菌基因组的数据，相当于十年前GenBank里面序列的全部！如果是学生物技术的，NCBI 的 GenBank 一定要玩熟，这样设计起诊断试剂来才会得心应手。其实，常用的也就是各种Blast和序列的Alignment.
我正在准备做一些列的Podcast，把iCubate2.0相关的技术讲透，加上视频解说，这样比较方便大家学习。这是提纲：
下面这篇论文（点图连接）用高通量测序技术去测在不同时间和地点分离出的八株同一种细菌， Enterococcus faecalis, 结果发现相互之间在基因组水平上竟然有30％可以是不同的。或者说，有70％是保守的。
这个图可以看到八个不同的菌株基因组上的差异。
这要是在人就不可想像了，在基因组水平上有30％的差异还能归类相同？
我注意到这个现象是因为正在设计一个多重PCR的临床诊断试剂，其中包括E. faecalis. 如果选择的检测基因不是属于那70%的保守区，诊断的假阴性就会很高。所以在试剂研发过程中我们都要对每个细菌“知根知底”才行，引物一定要设计在比较保守的区域。
有人烧钱测各种细菌，我们这些做试剂研发的就省力了。研发感染性疾病的分子诊断试剂现在真是很轻松，几乎所有临床上重要的病原体都有全基因组测序。很多机构还针对某个病原体重点测序，反复做。因为现在测一个细菌的基因组已经非常便宜了。几年前还需要五万美金，现在五千都不用了。
作为一个科学家，工作在这个时代真是很畅快：要文献有文献，要数据有数据，都是足不出户就在掌握之中。我半个小时看到的有关细菌基因组的数据，相当于十年前GenBank里面序列的全部！如果是学生物技术的，NCBI 的 GenBank 一定要玩熟，这样设计起诊断试剂来才会得心应手。其实，常用的也就是各种Blast和序列的Alignment.
我正在准备做一些列的Podcast，把iCubate2.0相关的技术讲透，加上视频解说，这样比较方便大家学习。这是提纲：
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