本文作者: Rui Wang

小麦生信菜鸟归来（五）—系列总结以及特异性引物设计

春节已过，春天马上就要来了，我们的小菜鸟也要出来找食了！今天首先为大家总结了我们过去有关小麦生信的推送，各个小编都有贡献。然后也列出了我接下来几周计划推送的内容，大家有什么建议和需要也可以给我们留言，其实小编也是在自学，期望通过这一系列推送能够让小编自己和众朋友们展翅飞翔！

1. 第一篇是为序，介绍了一个常用的生信网站Graingenes

小麦生信必备网站和数据库（一）

2. 接下来三篇主要介绍了小麦物理图谱的介绍和应用，其中对小麦基因组数据库的总结介绍是非常基础且重要的知识。另外，也介绍了一些比较基因组学的知识和应用，包括野生二粒小麦，山羊草，拟南芥，和水稻。

小麦生信菜鸟成长记（二）----高手请直接看第二部分

小麦基因组数据库介绍       

小麦生信菜鸟(三)----常见问题        

如何获取小麦中一个基因家族的所有成员 

如何根据模式模式作物拟南芥和水稻的基因序列寻找小麦里的直系同源基因     

3. 接下来几篇小编打算介绍三个主题：基因表达，特异性引物设计，以及突变体库。

小麦生信菜鸟(四)—基因表达数据库           

小麦生信菜鸟(五)— 特异性引物设计工具介绍 （今天推送）

小麦生信菜鸟(六)— 特异性引物设计（待续）

小麦生信菜鸟(七)— 基因表达数据分析（待续）

小麦生信菜鸟(八)— 小麦突变体数据库介绍及应用（待续）

4.其它相关推送：

野生二粒小麦基因组在science发布

野生二粒小麦基因组下载

Nature在线发表小麦D基因组供体——粗山羊草的基因组研究论文

又一篇节节麦基因组文章来袭--聊一聊你的关注点在哪？

节节麦基因组数据使用和下载

吐血推荐：小麦或植物常用网站

今天开始讲特异性引物的设计，还是老方式，第一篇推送是背景和基本知识介绍，今天的参考文献都是两页左右的小文章，强烈建议大家阅读！

还记得我们很久以前那个Case study吧，我们找到了一个抗病QTL，也有几个associated marker，通过前几期的介绍，我们知道了怎么查阅这个QTL的物理图谱位置，知道了怎样找candidate gene的表达，现在我们想把peak and flanking marker转化成自己实验室能run 的marker （KASP，CAPS 和dCAPS），这样就可以应用在validation 群体或者是做fine mapping的大群体中。 

1. KASP marker design tool

PolyMarker

http://polymarker.tgac.ac.uk/ 

Reference: PolyMarker: A fast polyploid primer design pipeline

https://academic.oup.com/bioinformatics/article/31/12/2038/213995

2. CAPS related marker design tools

（1）CAPS Designer

https://solgenomics.net/tools/caps_designer/caps_input.pl

Reference: The Sol Genomics Network (SGN)—from genotype to phenotype to breeding.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4383978/

（2）dCAPS：

http://biology4.wustl.edu/dcaps/

Reference: Web-based primer design for single nucleotide polymorphism analysis：

http://sci-hub.tw/10.1016/s0168-9525(02)02820-2

（3）indCAPS (indy-caps):

http://indcaps.kieber.cloudapps.unc.edu/

Reference: indCAPS: A tool for designing screening primers for CRISPR/Cas9 mutagenesis events

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0188406

再接下来，如果我们想fine mapping这个基因，就要设计更多的引物来refine the QTL region。最方便的方法当然是测序技术（用BSA的方法测两个样就行了），包括GBS data, 90K SNP, exosome capture, 或者Target capture。但是，现在小麦基因组序列已经有了，自己根据参考序列扩增目的片段然后去测序也不失为一种有效的方法（不知道现在能测序多长的片段，前几年我做的时候大概只能准确测序1kb左右）。下面的tool就是帮大家设计特异性引物来扩增目的片段。

GSP:

https://probes.pw.usda.gov/GSP/

Reference: A web-based platform for designing genome-specific primers in polyploids：https://academic.oup.com/bioinformatics/article/32/15/2382/1743425