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conda在生物信息学中应用非常广泛,很多软件的安装问题得以解决。但有时候还是不能解决环境配置问题。
尽管conda可以新建一个环境,但这个方法不是万能的,尤其是有些软件依赖系统级的库的时候。
conda创新新环境并安装软件的示例命令如下:
conda create --n myenv python=3.8
如果还是解决不了软件安装问题,可以试试将conda环境打包成镜像,做法如下:
首先在conda 中搜索目标软件信息
conda search -c bioconda cuttlefish
返回信息如下:
# Name Version Build Channel
cuttlefish 1.0.0 h2e03b76_0 bioconda
cuttlefish 1.0.0 h2e03b76_1 bioconda
cuttlefish 2.0.0 h95f258a_0 bioconda
cuttlefish 2.0.0 hf1761c0_1 bioconda
cuttlefish 2.1.0 hf1761c0_0 bioconda
cuttlefish 2.1.1 hf1761c0_0 bioconda
cuttlefish 2.2.0 h6a68c12_1 bioconda
cuttlefish 2.2.0 h6a68c12_2 bioconda
cuttlefish 2.2.0 hf1761c0_0 bioconda
cuttlefish 2.2.0 hf1761c0_1 bioconda
再次根据上述返回的Version、Build信息,pull镜像的命令如下:
docker
docker pull quay.io/biocontainers/cuttlefish:2.1.0--hf1761c0_0
singularity
singularity pull ./cuttlefish.sif docker://quay.io/biocontainers/cuttlefish:2.1.0--hf1761c0_0
至此,安装完毕。
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