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Circos的安装技巧 (Mac OS) 2017-09-03
Circos是一个基于Perl写的应用非常广泛的基因组圈图绘制软件。生信技能树给出了比较简要的使用说明:http://www.biotrainee.com/thread-753-1-1.html。 当然软 ...
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Conda - 多平台软件管理平台 2017-07-04
在做生物计算时,往往需要安装很多软件包,例如目前比较流行的python包。但是很多时候不同软件存在dependence,安装起来较为繁琐。 Conda是一个可用于多平台(Wi ...
(4551)次阅读|(0)个评论
使用Aspera高速下载SRA/ENA测序数据 2016-12-27
在做基因组学数据分析,往往需要从NCBI/sra 或者EBI/ENA下载高通量的测序数据。通常的ftp下载(或者wget),或者sratoolkit下载往往耗时太长,这时一种大数据下载 ...
(8755)次阅读|(0)个评论
非root用户在linux服务器安装python package 2015-06-03
最近科研分析用到一个python 程序, CPAT (coding potential assessment tool), 需要在服务器上运行。由于该程序基于python 2.7(且仅基于),而服务器默认安装的 ...
(9863)次阅读|(0)个评论
使用 Perl API 获取KEGG数据 2014-11-03
背景介绍:    1. 自2012年7月,KEGG不再免费提供FTP下载数据服务,用户需要付费获取一定时间的数据FTP下载服务 (~$2000/year)。这对批量下载K ...
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Cygwin - Windows下的Linux模拟器 2014-09-25
    习惯于在Linux下工作的同学,换到Windows下后有时总想实现Linux下的很多功能,这个时候一个好的Linux模拟器就必不可少了(当然若只是想实现在Wi ...
(3255)次阅读|(0)个评论

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