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Circos的安装技巧 (Mac OS)
张文宇 2017-9-3 18:16
Circos是一个基于Perl写的应用非常广泛的基因组圈图绘制软件。生信技能树给出了比较简要的使用说明:http://www.biotrainee.com/thread-753-1-1.html。 当然软件本省给出了详细的使用说明:http://circos.ca/documentation/tutorials。原以为该软件的安装应该是一个非常简单的过程,但是其中一个Perl包-GD的安装还是出现了 ...
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Conda - 多平台软件管理平台
张文宇 2017-7-4 03:06
在做生物计算时,往往需要安装很多软件包,例如目前比较流行的python包。但是很多时候不同软件存在dependence,安装起来较为繁琐。 Conda是一个可用于多平台(Windows, Linux, Mac)的软件管理系统(不仅包含python包的管理),相关简介见: https://conda.io/docs/intro.html 。 它比较类似mac下的homebrew, linux中yum等 ...
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使用Aspera高速下载SRA/ENA测序数据
张文宇 2016-12-27 16:26
在做基因组学数据分析,往往需要从NCBI/sra 或者EBI/ENA下载高通量的测序数据。通常的ftp下载(或者wget),或者sratoolkit下载往往耗时太长,这时一种大数据下载神器Aspeara就能够大显神通了。Aspera的最简单使用是通过网页插件形式(像Firefox, IE应该都支持,但是不支持Chrome),安装之后即可直接在要下载的页面中点击aspe ...
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非root用户在linux服务器安装python package
张文宇 2015-6-3 11:38
最近科研分析用到一个python 程序, CPAT (coding potential assessment tool), 需要在服务器上运行。由于该程序基于python 2.7(且仅基于),而服务器默认安装的python 为2.6。 作为一个非root用户,几经周折,终于搞定。步骤如下: 1. 自行安装python 版本2.7.0: 1) 下载python-2.7.0.tar.gz   ...
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使用 Perl API 获取KEGG数据
张文宇 2014-11-3 04:19
背景介绍: 1. 自2012年7月,KEGG不再免费提供FTP下载数据服务,用户需要付费获取一定时间的数据FTP下载服务 (~$2000/year)。这对批量下载KEGG数据的用户有所影响,但对手动少量下载或者通过API获取数据的用户并没有太大影响。 2. 自2012年7月1日,KEGG的API service 更新为基于REST AP ...
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Cygwin - Windows下的Linux模拟器
张文宇 2014-9-25 23:38
习惯于在Linux下工作的同学,换到Windows下后有时总想实现Linux下的很多功能,这个时候一个好的Linux模拟器就必不可少了(当然若只是想实现在Windows登陆Linux远程服务器,类似putty的小型程序就够了)。Cygwin就是一个很好的工具,关于它的历史渊源,见wiki: http://zh.wikipedia.org/wiki/Cygwin . & ...
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数据去冗余问题
张文宇 2014-9-20 00:02
处理生物学数据时,最经常遇到的就是数据冗余(或者说是重复)问题。要得到Unique 的数据,这里给出了几种方法: 1. 基于Linux Command: 上述问题最简单地解决方法莫过于使用Linux 下的uniq 命令了,不过要注意的是,uniq 命令要和sort 结合在一起才能发挥威力。 举例如下: File1 : 1 3 4 1 2 ...
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重新选择文本编辑器
张文宇 2014-9-9 05:50
对于经常需要进行文本操作(查看,编辑)的同学,尤其是经常要写些脚本程序的同学来讲,选择一款顺手的文本编辑器可谓至关重要。最初学的是VB, 后来自学了几天C和C++, 这几门语言有自己专门的IDE开发平台。后来改弦易张,以java作为主要编程工具,eclipse 和netbeans 成了不可或缺的工具。 真正做起生 ...
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