植物基因组（plantgenomes）微信公众号 2019 年 1-6 月推文列表 2019-07-08

PyPore: Nanopore 测序数据处理工具 . 2019-06-30. Nanopype: 模块化、可伸缩的 Nanopore 数据处理 pipeline . 2019-06-19. CN-Learn: 从外显子测序 ...

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PyPore: Nanopore 测序数据处理工具 2019-07-08

Oxford Nanopore 测序通量已经提高到了 10-20 Gb，每次可以产生数百万的 reads。这些产生的数据是以 FAST5 格式保存。FAST5 是 HDF5 格式的一个变种。但目前能 ...

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Nanopype: 模块化、可伸缩的 Nanopore 数据处理 pipeline 2019-06-20

长读长的三代 Nanopore 测序技术使得研究者们可以解决很多之前短读长策略不能解决的问题。用户基础的快速扩大和通量的持续增加激发了很多专用软件的开发。但是 ...

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植物基因组(plantgenomes)微信公众号 2017 年推文列表 2019-06-14

植物基因组(plantgenomes)微信公众号 2017 年推文列表 https://plantgenomes.github.io/ F1000Research: 甘蔗品种 SP80-3280 的基因组序列 . 2 ...

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植物基因组 (plantgenomes) 微信公众号 2018 年推文列表 2019-06-14

植物基因组 (plantgenomes) 微信公众号 2018 年推文列表 https://plantgenomes.github.io/ KrakenUniq: 一个新的宏基因组学聚类软件 . 2018- ...

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植物基因组 (plantgenomes) 微信公众号 2016 年推文列表 2019-06-14

“植物基因组” (plantgenomes) 微信公众号 2016 年推文列表 https://plantgenomes.github.io/ 物种树与基因树不一致：拟南芥属所有物种基因 ...

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CoCo: 考虑嵌套基因的 RNA-seq 定量软件 2019-06-11

在 RNA-seq 数据分析的过程中，往往不能很好地处理嵌套基因和多拷贝基因的定量问题，要么定量出错，要么直接忽略，都极大地降低了 RNA-seq 定量的精确性和基因 ...

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novoCaller: 利用贝斯网络方法从家系和群体测序数据中鉴定新发生的变异 2019-06-07

许多之前开发的变异鉴定方法主要用于鉴定高质量的变异位点，设计上试图降低假阳性，但也会提高假阴性，对于 trio-sequencing 数据不敏感。为解决这个问题，Bri ...

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