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植物基因组(plantgenomes)微信公众号 2019 年 1-6 月推文列表
李雷廷 2019-7-8 09:58
PyPore: Nanopore 测序数据处理工具 . 2019-06-30. Nanopype: 模块化、可伸缩的 Nanopore 数据处理 pipeline . 2019-06-19. CN-Learn: 从外显子测序中精确检测拷贝数变异的机器学习方法 . 2019-06-13. CoCo: 考虑嵌套基因的 RNA-seq 定量软件 . 2019-06-11. novoCaller: 利用贝斯网络方法从家系和群体 ...
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PyPore: Nanopore 测序数据处理工具
李雷廷 2019-7-8 09:47
Oxford Nanopore 测序通量已经提高到了 10-20 Gb,每次可以产生数百万的 reads。这些产生的数据是以 FAST5 格式保存。FAST5 是 HDF5 格式的一个变种。但目前能直接处理这种数据格式并辅助下游分析的软件还比较少。2019 年 4 月 16 日,Bioinformatics 杂志发表了意大利的学者完成的题为“ PyPore: a python toolbox for n ...
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Nanopype: 模块化、可伸缩的 Nanopore 数据处理 pipeline
李雷廷 2019-6-20 09:36
长读长的三代 Nanopore 测序技术使得研究者们可以解决很多之前短读长策略不能解决的问题。用户基础的快速扩大和通量的持续增加激发了很多专用软件的开发。但是,如何利用可重现及透明的(reproducible and transparent)流程高效处理 Nanopore 数据集,依然存在不足。为解决这一问题,德国学者开发了 Nanopore 数据处理 p ...
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植物基因组(plantgenomes)微信公众号 2017 年推文列表
李雷廷 2019-6-14 15:44
植物基因组(plantgenomes)微信公众号 2017 年推文列表 https://plantgenomes.github.io/ F1000Research: 甘蔗品种 SP80-3280 的基因组序列 . 2017-07-10. Plant Journal: 四川农大发表小麦 GWAS 论文 . 2017-07-08. Plant Journal: 安徽农科院发表石榴基因组 . 2017-07-07. 不要用“深度学习 ...
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植物基因组 (plantgenomes) 微信公众号 2018 年推文列表
李雷廷 2019-6-14 10:55
植物基因组 (plantgenomes) 微信公众号 2018 年推文列表 https://plantgenomes.github.io/ KrakenUniq: 一个新的宏基因组学聚类软件 . 2018-12-29. SAM/BAM/samtools 十岁了 . 2018-12-25. 分享视频:CRISP基因编辑 beyond . 2018-12-24. R 语言中处理TOML 数据的 packages 有哪些? . ...
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植物基因组 (plantgenomes) 微信公众号 2016 年推文列表
李雷廷 2019-6-14 10:43
“植物基因组” (plantgenomes) 微信公众号 2016 年推文列表 https://plantgenomes.github.io/ 物种树与基因树不一致:拟南芥属所有物种基因组重测序 . 2016-07-20. 二代+三代测序获得N50为12.8 Mb的拟南芥Ler基因组组装 . 2016-07-10. 南半球海草基因组论文发表于《Plant Physiology》 . 2016- ...
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CoCo: 考虑嵌套基因的 RNA-seq 定量软件
李雷廷 2019-6-11 20:40
在 RNA-seq 数据分析的过程中,往往不能很好地处理嵌套基因和多拷贝基因的定量问题,要么定量出错,要么直接忽略,都极大地降低了 RNA-seq 定量的精确性和基因覆盖度。为解决这个问题,加拿大谢布鲁克大学的学者开发了 CoCo 软件,论文于 2019 年 5 月 29 日发表于 Bioinformatics 杂志。 网址: https://doi.or ...
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novoCaller: 利用贝斯网络方法从家系和群体测序数据中鉴定新发生的变异
李雷廷 2019-6-7 12:53
许多之前开发的变异鉴定方法主要用于鉴定高质量的变异位点,设计上试图降低假阳性,但也会提高假阴性,对于 trio-sequencing 数据不敏感。为解决这个问题,Brigham 妇女医学院和哈佛医学院等单位的学者设计了一个利用贝斯网络方法从家系和群体测序数据中鉴定变异的软件 novoCaller。论文于 2018 年 8 月 30 日发表于 Bioi ...
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netmap(): 利用离散图模型构建多倍体遗传连锁图谱
李雷廷 2019-6-6 21:17
之前的推文介绍过构建多倍体遗传连锁图谱的软件 polymapR ,在 polymapR 的论文发表之后,Bioinformatics 杂志于 2018 年 9 月又发表了另外一篇构建多倍体遗传连锁图谱软件的论文,标题为 “ De novo construction of polyploid linkage maps using discrete graphical models ”。 论文网址: ...
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Science | 休息也是一项艰苦的工作
李雷廷 2019-5-26 21:43
【本文翻译自 2019 年 4 月 5 日发表于 Science 杂志的短文 “Taking a break is hard work, too”,原作者为英国帝国理工学院的研究人员 Mattias Björnmalm,原文网址: https://doi.org/10.1126/science.364.6435.98 】 我的实验台上堆满了瓶瓶罐罐——连续几周做不出结果的一个实验的残留物。我没精打采地靠 ...
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