美国华盛顿大学医学院Barak A. Cohen团队近期取得重要工作进展，他们研究开发了通过单细胞大规模平行报告试验检测细胞类型特异性基因调控的方法。相关研究成果2023年1月12日在线发表于《自然—遗传学》杂志上。
据介绍，大规模平行报告基因分析是调控基因组学中的关键工具，但如果不在不同细胞类型之间连续进行分析，则无法用于识别细胞类型特异性的调控元件。
为了解决这个问题，研究人员开发了一种单细胞大规模平行报告分析（scMPRA）方案，以同时测量跨多种细胞类型的顺式调控序列（CRS）库的活性。研究人员分析了HEK293和K562细胞混合物中的核心启动子库，并表明scMPRA是一种可重复的、高度平行的单细胞报告基因分析方法，可检测细胞类型特异性顺式调节活性。随后，研究人员测量了活小鼠视网膜中多种细胞类型的启动子变体库，并表明细微的基因变异可以对顺式调节活性产生细胞类型特异性影响。
总之，研究人员预计scMPRA将广泛适用于研究CRS在不同细胞类型中的作用。
附：英文原文
Title: A single-cell massively parallel reporter assay detects cell-type-specific gene regulation
Author: Zhao, Siqi, Hong, Clarice K. Y., Myers, Connie A., Granas, David M., White, Michael A., Corbo, Joseph C., Cohen, Barak A.
Issue&Volume: 2023-01-12
Abstract: Massively parallel reporter gene assays are key tools in regulatory genomics but cannot be used to identify cell-type-specific regulatory elements without performing assays serially across different cell types. To address this problem, we developed a single-cell massively parallel reporter assay (scMPRA) to measure the activity of libraries of cis-regulatory sequences (CRSs) across multiple cell types simultaneously. We assayed a library of core promoters in a mixture of HEK293 and K562 cells and showed that scMPRA is a reproducible, highly parallel, single-cell reporter gene assay that detects cell-type-specific cis-regulatory activity. We then measured a library of promoter variants across multiple cell types in live mouse retinas and showed that subtle genetic variants can produce cell-type-specific effects on cis-regulatory activity. We anticipate that scMPRA will be widely applicable for studying the role of CRSs across diverse cell types.
DOI: 10.1038/s41588-022-01278-7
Source: https://www.nature.com/articles/s41588-022-01278-7
Nature Genetics：《自然—遗传学》，创刊于1992年。隶属于施普林格·自然出版集团，最新IF：41.307
官方网址：https://www.nature.com/ng/
投稿链接：https://mts-ng.nature.com/cgi-bin/main.plex
本期文章：《自然—遗传学》：Online/在线发表
