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- 置顶 · 个人新博客
- 我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/
- schrodinger 命令行处理超大化合物库
- windows中可以通过 schrodinger command prompt 或者schrodinger powershell来导出schrodinger的环境； linux 下可以通过run 这个命令来代替python，从而导入schrodinger 环境。 $ run /home/gaussian/Schrodinger_2015_installed/mmshare-v30010/python/common/glide_blocksort.py usage: glide_blocksort.py ...
- Python PMW notebook的大小
- notebook.setnaturalsize() 通过该函数可以自动调整notebook的大小。 注意事项，该函数要发在布局代码的末尾。 class GSFgui(Frame): def __init__(self,parent=None,**kwargs): w1=20 w2=20 w3=20 &nbs ...
- schrodinger 对接后处理 DOCKING POST-PROCESSING 注意事项
- 对接后保留最佳构象， 经过ligprep后一个分子可以产生多个构象。 对接后如果只想看打分最好的构象，可以使用scripts-Docking POST-PROCESSING-Select Poses 最佳构象。 注意事项，其根据title属性的值进行合并的。如果title属性缺失或者不合适，需要事先修改。 比如 通过copy Molname 属性来替换原来的ti ...
- python entry_point load_entry_point
- CalculateClusterRadii -h 命令 ImportError: 'Module' object has no attribute 'entry_point' msmbuilder==2.8.2 ------------------------ load_entry_point 一般在 模块相关文件夹（egg）下面有个 entry.txt 之类 在msmbuilder 同级目录下有个EGG-INFO 里面有 entry_points.txt 文件里 ...
- 弱相互作用汇总
- 1 盐桥 (salt bridge); 盐桥的距离大概是小于6埃。4A 就比较强了。 3kcal /5kcal/ In detail, SBs are treated as a contact between NH/NZ in ARG/LYS residues and OE*/OD* in ASP/GLU AA。 K72---E91,PDB id: 1ATP;Fig 3 K带有正电荷，E带有负电荷。 盐键又 称盐桥 或离子键, 它是正电荷与负电荷之间的一种 ...
- python Tkinter 注意事项
- python Tkinter 继承Frame 注意事项 属性不生效，继承的时候必须继承3个选项，否则会出现relief 没有效果等问题。 class GSFgui(Frame): def __init__(self,parent=None): 一定要继承3个选项self,parent,kwargs,否则在使用过程中会出现各种bug,比如无法设置frame的选项。 比如设置border的选项，颜色 ...
- KVFinder中的数据结构
- for(i=-1;fscanf(dictionary_file,%s,AUX)!=EOF itablesize;) { printf(aux %sn,AUX); if(AUX =='') { i++; &n ...
- 开源对接软件
- - AutoDock http://autodock.scripps.edu/downloads - AutoDock Vina http://autodock.scripps.edu/downloads - LeDock（未开放源代码） http://www.lephar.com/download.htm - rDock http://rdock.sourceforge.net/ - UCSF DOCK http://dock.compbio.ucsf.edu/
- CCDC smarts搜索注意事项
- smarts 规则 http://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smarts.html 大写的C 代表非芳香碳，小写的c 代表芳香碳， 或者 可代表任意碳。 XBD_sub=ccdc.search.SMARTSSubstructure(' ') #index is 0 XBA_sub=ccdc.search.SMARTSSubstructure(' ') #index is 0 ...
- linux 安装PIP，出现SSLerror
- python get-pip.py sslERROR; 重新源码编译安装python，就可以解决这个问题。 tar zxvf Python-2.7.9.tgz cd Python-2.7.9 ./configure --prefix=/home/my/python2.7 --enable-unicode=ucs4 make make install 安装好了以后添加到path中，同时修改别名python27，避免冲突
