autodataming的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/autodataming

博文

弱相互作用汇总

已有 5950 次阅读 2016-11-22 21:56 |系统分类:科研笔记

1 盐桥 (salt bridge);

盐桥的距离大概是小于6埃。4A 就比较强了。

3kcal /5kcal/

In detail, SBs are treated as a contact between
NH/NZ in ARG/LYS residues and OE*/OD* in ASP/GLU AA。

K72---E91,PDB id: 1ATP;Fig 3

K带有正电荷,E带有负电荷。

盐键又称盐桥或离子键, 它是正电荷与负电荷之间的一种静电相互作用。


REF: R.  Roskoski  Jr.  /  Pharmacological  Research  100  (2015)  1–23

enter image description here


2. Hydrogen bond

氢键能量范围跨度也很大,0.2-40 Kcal/mol.角度一般大于90或者110度,距离d一般小于3或者3.2A。

X-H...A

O-H...O

距离d(HA) 1.2-2.2+/3.2

距离D(XA) 2.2-3.2+

角度90/110-180

氢键和卤键类似,受体可以是电负性原子或者PI 体系。PI的中心和node 都可以作为氢键的受体。


图片.png

Angew Chem Int Ed Engl. 2002 Jan 4;41(1):49-76.



3. Halogen bond

4. PI-PI

苯环中心距离小于6A,有各种构象。

平行 T L形状



4. PI...X



5. 双硫键 小于3A

#### 参考

  1. https://chemistry.stackexchange.com/questions/60113/salt-bridge-vs-hydrogen-bond




https://wap.sciencenet.cn/blog-950202-1016205.html

上一篇:python Tkinter 注意事项
下一篇:python entry_point load_entry_point
收藏 IP: 202.127.19.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-4-26 01:13

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部