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生物信息| 非编码RNA| 其他| 软件| 网站| python| 每日文章导读|

NCBI ORFfinder 6种读码框在线可视化: 陈明杰 2022-7-12 17:26; 1，ORF简介开放阅读框（ Open Reading Frame，ORF）从起始密码子开始，到终止密码子结束的连续碱基序列，具有蛋白质编码潜能。由于密码子（ codon）读写起始位点的不同，mRNA序列可能按照 6 种 ORF阅读和翻译。如图 1所示，对于序列1，可以从A开始读，也可以从T开始读，也可 ...; 7429 次阅读|没有评论

GeneToList – 基因名转换（ID convertion）网络服务器: 陈明杰 2022-6-22 14:34; 小编写过有关基因名的坑的推文，总结了有关基因名的十大坑，见：基因名坑你没商量 -- 避免踩坑，请查收！。今天为大家推荐一款很不错的基因名转化在线服务器 – GeneToList 随着高通量组学技术的日益流行，处理它们所产生的数据集变得越来越困难，因此需要借助于编程语言或者在线服务器，将一个数据库 ...; 个人分类: 网站|4349 次阅读|没有评论

ToxinPred – 多肽毒性预测、突变设计和理化性质预测: 陈明杰 2022-6-20 12:47; 多肽是由多个氨基酸通过肽键连接形成的化合物，是生物体中普遍存在的小分子活性物质，它们作为激素、神经递质、生长因子等参与多种生命活动。近年来，人们对多肽的研究也日渐深入，例如抗菌肽（ Antibacterial peptides ， A BP s ）具有广谱抗菌活性，可以快速杀灭革兰氏阳性菌，革兰氏阴性菌，真菌， ...; 3174 次阅读|没有评论

染色体外环状DNA：肿瘤研究新方向: 陈明杰 2022-6-18 02:01; 染色体外环状 DNA （ ecDNA ）是癌症中活化原癌基因扩增的主要方式。区别于常染色体，这类生物大分子主要以环状的形式存在于细胞核当中，长度分布在 10 的 3 次方到 6 次方数量级，无中心粒。 e cDNA 序列中包含一个或者多个基因与调控元件，结构开放，转录活性强，相比于在棒状染色体结构基因， ecDN ...; 1964 次阅读|没有评论

piRNA-疾病研究最新综述 – 数据库、软件工具、webserver和计算模型: 陈明杰 2022-6-13 10:36; piRNA 被世界顶尖科学期刊《 Science 》评为 2006 年年度十大科学突破之一。之后有关 piRNA 的研究也成为 C NS 文章的常客。 2022 年 6 月 7 日发表在 Briefings in Bioinformatics 上的这篇综述为我们整理了 39 个 piRNA 特异性和非特异性数据库及生物信息学资源；并根据 piRNA 的功能，包括 p ...; 2582 次阅读|没有评论

手把手教你给KEGG pathway图标注颜色: 陈明杰 2022-6-1 10:08; 今天是六一儿童节，祝宝宝们节日快乐。 KEGG是一个整合了基因、化合物、酶和系统功能的数据库，它利用图形来表征代谢通路，以及各种通路间的关系，使得研究者能够在系统层面了解所关注的代谢通路（pathway）。 K EGG 通路图因其形式美观、容易理解等优点，在论文中经常出现，特别是标注感兴趣的基因 ...; 2827 次阅读|没有评论

微生信神助力：在线绘制发表级主成分分析（PCA）图: 陈明杰 2022-5-26 14:42; 主成分分析（ Principal components analysis ， PCA ）是一种线性降维方法。它利用正交变换对一系列可能相关的变量的观测值进行线性变换，从而投影为一系列线性不相关变量的值，这些不相关变量称为主成分（ Principal Components ）。 PCA 是一种对数据进行简化分析的技术，这种方法可以有效地找出数据中 ...; 1838 次阅读|没有评论

左手微生信，右手inkscape，神器在手，作图无忧！: 陈明杰 2022-5-23 10:36; 本站一直以来的观点都是：任何在线工具都不能满足你的定制需求，要满足：1，自己编程一行一行写；2，草图+ink scape 调整。例如：有朋友问下面这张B P ，C C,MF 的图能不能做成B P 、CC、pathway？能不能做成两组的？答复：为什么不能呢？你把 pathway的数据贴过去，然后把pathwa ...; 1411 次阅读|没有评论

饼图审美疲劳？来试试扇形图（彩虹图）吧！: 陈明杰 2022-5-19 16:05; 常规的饼图、柱状图是不是看着审美疲劳了？来试试扇形图吧！什么是扇形图？形如扇子，故名，有人又称之为彩虹图（ 0 度到 180 ）。使用扇形展示各部分所占的百分比，是饼图（扇面宽度 1 ，角度 0-360 ），甜甜圈图（角度 0-360 ）等的自由板式，即：也可以用来绘制饼图和甜甜圈 ...; 1683 次阅读|没有评论

免费在线绘制CircRNA吸附miRNA圈图: 陈明杰 2022-5-17 09:50; 什么是环状R NA ？环状 R NA （ ci rcular RNA ， circRNA）是一类没有 5’帽子和3'poly (A) 尾巴的环状闭合非编码 RNA分子。如上图所示，基因组上的外显子 1，2，3，4，5，6可以转录形成线性R NA 分子，例如右侧中间的线性 R NA 分子由 1，2，3，4，5 ...; 2082 次阅读|没有评论

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